公司扣除病假期间员工的差旅费是否合法，需分情况讨论：

1. 若差旅费属于员工因公出差的预支或报销款项，且与病假无直接关联：

   • 法律分析：根据《劳动法》及相关规定，员工在病假期间享有法定的医疗期，并应获得相应的病假工资或疾病救济费。差旅费作为员工因公出差的预支或报销款项，其性质与病假工资或疾病救济费不同。若差旅费是员工在病假前因公出差已预支但尚未报销的款项，或者虽在病假期间但因紧急公务需处理而产生的差旅费，公司通常无权直接扣除。因为这部分费用属于员工因工作产生的支出，应由公司承担或按照公司规定进行报销。
   • 建议：员工应与公司沟通，明确差旅费的性质和报销流程。若公司无正当理由扣除，员工可要求公司补发或通过劳动争议调解、仲裁等途径维护自身权益。

2. 若差旅费被公司错误地计入病假期间的工资扣除项，或作为对员工病假的惩罚：

   • 法律分析：病假期间，员工的工资待遇应受到法律保护，公司不得随意扣除。若公司将差旅费作为对员工病假的惩罚或错误地计入工资扣除项，这可能构成违法。因为病假工资是员工在病假期间应享有的基本权益，公司无权因员工病假而扣除其应得的工资或福利。
   • 建议：员工应首先与公司协商，要求公司纠正错误的工资扣除行为。若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁，要求公司支付被扣除的工资及可能的赔偿。

3. 若公司规章制度或劳动合同中有明确规定，且该规定不违反法律法规：

   • 法律分析：虽然公司规章制度或劳动合同中的规定不能违反法律法规的强制性规定，但如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了病假期间差旅费的处理方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定（如不低于最低工资标准、不违反病假工资支付规定等），则公司可能按照该规定执行。但这种情况较为少见，且公司需确保规定的合法性和合理性。
   • 建议：员工在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，特别是关于病假、工资及福利的规定。若对公司规章制度或劳动合同中的规定有疑问，应及时向公司或专业律师咨询。若认为公司规定违法或不合理，员工可提出异议并要求公司修改。

总结与建议：公司扣除病假期间员工的差旅费是否合法，需根据差旅费的性质、公司规章制度或劳动合同的规定以及相关法律法规进行综合判断。若员工认为公司扣除差旅费的行为违法或不合理，建议首先与公司沟通协商；若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁以维护自身权益。在处理此类问题时，员工应保留好相关证据（如工资条、差旅费报销单、劳动合同等）以便维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。