非法变更农用水库用水性质，主要违反了《中华人民共和国水法》的第四十八条和第六十九条。以下是对这两条法律条款的详细解释以及相关法律后果的分析：
一、法律条款解释
《中华人民共和国水法》第四十八条：
- 该条款明确规定，直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，应当按照国家取水许可制度和水资源有偿使用制度的规定，向水行政主管部门或者流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳水资源费，取得取水权。
- 对于农用水库而言，其用水性质通常与农业灌溉、防洪等密切相关。非法变更其用水性质，如将农业灌溉用水转为工业用水或生活用水，可能未经批准擅自取水或改变了取水的用途，从而违反了该条款的规定。
《中华人民共和国水法》第六十九条：
- 该条款明确指出，有下列行为之一的，由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权，责令停止违法行为，限期采取补救措施，处二万元以上十万元以下的罚款；情节严重的，吊销其取水许可证：
- 未经批准擅自取水的；
- 未依照批准的取水许可规定条件取水的。
- 非法变更农用水库用水性质，如果涉及未经批准擅自取水或未依照批准的取水许可规定条件取水，那么将直接违反该条款，面临相应的行政处罚。
二、法律后果分析
- 行政处罚：根据《中华人民共和国水法》第六十九条的规定，非法变更农用水库用水性质的单位或个人，将面临县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构的行政处罚，包括责令停止违法行为、限期采取补救措施以及罚款等。
- 民事责任：如果非法变更农用水库用水性质的行为导致了他人损害，如影响了周边农田的灌溉或造成了水资源的浪费，那么行为人还可能承担相应的民事责任，包括赔偿损失等。
- 刑事责任：在极端情况下，如果非法变更农用水库用水性质的行为构成了犯罪，如非法采矿罪（如果涉及非法开采地下水）或其他相关犯罪，那么行为人还将面临刑事责任的追究。
三、建议与措施
- 遵守法律法规：任何单位和个人在使用水资源时，都应严格遵守《中华人民共和国水法》等相关法律法规的规定，不得非法变更农用水库的用水性质。
- 申请取水许可：如果需要变更农用水库的用水性质或进行其他取水活动，应依法向水行政主管部门或流域管理机构申请取水许可证，并按照批准的条件取水。
- 加强监管与执法：水行政主管部门和流域管理机构应加强对水资源使用的监管和执法力度，及时发现并制止非法变更农用水库用水性质等违法行为。
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