核心结论：若违法建设在查处申请后仍在施工，可采取以下措施：

1. 立即向查处部门反馈
   根据《城乡规划法》第六十八条，若查处部门（如城管、规划局）已受理申请但未及时制止施工，您有权要求其立即履行职责，责令停工并采取查封施工现场、强制拆除等措施。若部门推诿，可要求其出具书面答复并说明理由。

2. 申请行政复议或提起行政诉讼

   • 行政复议：若查处部门未依法处理，您可在知道其不作为之日起60日内向其上级机关申请复议（如区城管局不作为，可向区政府或市城管局申请）。
     
   • 行政诉讼：若复议未果或逾期未答复，您可在6个月内向法院起诉，要求确认部门不作为违法并责令其履行职责。

3. 向纪检监察部门举报
   若怀疑查处部门存在渎职、受贿等行为，可向当地纪委监委或政府督查部门举报，提供施工照片、查处申请记录等证据，推动行政问责。

4. 申请诉前禁止令（紧急情况）
   若施工已造成严重安全隐患（如破坏承重墙、占用消防通道），可向法院申请“行为保全”，要求立即停止施工。需提供初步证据（如现场视频、专家意见）证明紧迫性。

关键提醒：

• 保留所有证据：包括查处申请回执、施工照片/视频、与部门的沟通记录等。
  
• 避免自行阻挠施工：可能涉嫌“妨碍公务”或“故意毁坏财物”，需通过法律途径解决。
  
• 及时行动：违法建设可能因时间推移导致拆除难度增加，甚至被认定为“既成事实”。

法律依据：

• 《城乡规划法》第六十四条、第六十八条
  
• 《行政复议法》第九条、第十二条
  
• 《行政诉讼法》第四十六条
  

如有进一步细节（如查处部门名称、施工具体内容），可补充说明，我将为您细化应对方案。