核心前提：甲方欠劳务公司款项，劳务公司以此为由拒绝在欠款未结清前开具发票，但工人工资已申报。

结论前置：

1. 劳务公司拒绝开票的行为不合法，但工人工资申报不受此直接影响。
2. 解决路径需分两步走：一是解决劳务公司开票问题，二是确保工人工资支付合规。

详细分析：

1. 劳务公司拒绝开票的合法性分析：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。因此，劳务公司以甲方欠款为由拒绝开票，违反了发票管理的强制性规定，不具有合法性。
   • 劳务公司若认为甲方欠款构成违约，应通过合法途径（如诉讼、仲裁）主张债权，而非以拒绝开票作为对抗手段。

2. 工人工资申报与开票问题的独立性：

   • 工人工资申报是劳务公司履行劳动法义务的一部分，与甲方是否欠款、劳务公司是否开票无直接关联。劳务公司不得因甲方欠款而拖欠或拒绝支付工人工资，否则可能面临劳动监察处罚及工人维权诉讼。
   • 若工人工资已申报但未实际支付，劳务公司需立即补足差额，避免引发劳动纠纷。

3. 解决路径建议：

   • 针对开票问题：
     • 劳务公司应立即向甲方开具发票，无论甲方是否已付款。若甲方拒绝接收发票，劳务公司可留存开具发票的证据（如发票存根、邮寄凭证等），以备后续维权。
     • 若甲方长期拖欠款项，劳务公司可依据合同约定及《民法典》相关规定，通过诉讼或仲裁方式追讨欠款，并主张逾期付款利息或违约金。
   • 针对工人工资问题：
     • 劳务公司需确保工人工资按时足额支付，避免因拖欠工资引发劳动争议。若因甲方欠款导致资金周转困难，劳务公司可与工人协商分期支付或寻求其他融资渠道，但不得以此为由拒绝支付工资。
     • 若工人已就工资问题向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，劳务公司需积极配合调查，并尽快解决工资支付问题，以减轻法律责任。

总结：劳务公司拒绝开票的行为违法，且与工人工资申报无直接关联。劳务公司应分别处理开票问题与工人工资支付问题，确保合规经营并维护工人合法权益。如有进一步疑问或需具体法律指导，可直接向我咨询。