企业申请退还土地时，定金是否扣除需视具体情况而定，无法一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同约定优先

• 若合同明确约定退还条件：例如，合同中规定“若因政府规划调整导致土地无法交付，出让方应全额退还定金”，则企业申请退还土地时，定金应按合同约定处理。此时，定金是否扣除取决于合同条款的具体表述。
• 若合同未约定或约定模糊：则需依据法律规定或交易习惯判断。例如，合同仅约定“定金不予退还”，但未明确退还条件，此时可能引发争议，需结合其他因素综合判断。

2. 定金性质影响结果

• 立约定金：若定金为立约定金（即保证双方签订正式合同），且因一方原因未签订正式合同，则定金可能按过错原则处理。例如，若因出让方原因导致无法签订正式合同，企业有权要求退还定金；反之，若因企业原因导致未签订，定金可能不予退还。
• 违约定金：若定金为违约定金（即保证合同履行），且因一方违约导致合同解除，则定金可能按违约责任处理。例如，若企业违约导致合同解除，出让方有权没收定金；反之，若出让方违约，企业有权要求双倍返还定金。

3. 不可抗力或情势变更

• 不可抗力：若因不可抗力（如自然灾害、政府行为等）导致土地无法交付或合同无法履行，双方可协商解除合同，并依据公平原则处理定金问题。此时，定金可能全额退还或部分退还。
• 情势变更：若因情势变更（如市场环境重大变化）导致合同履行显失公平，双方可协商变更或解除合同。此时，定金是否扣除需结合具体情势判断。

4. 法律程序与证据

• 协商解决：建议企业首先与出让方协商，明确定金退还条件及金额。协商时，应保留书面证据（如邮件、聊天记录等），以备后续争议。
• 诉讼或仲裁：若协商无果，企业可依据合同约定或法律规定，通过诉讼或仲裁解决争议。此时，需提交充分证据（如合同、付款凭证、沟通记录等），以证明定金应退还的理由。

5. 实务建议

• 审查合同条款：企业在申请退还土地前，应仔细审查合同条款，明确定金性质、退还条件及违约责任。
• 保留证据：企业应保留与定金支付、合同履行相关的所有证据，以备后续争议。
• 及时咨询：若对定金退还问题存在疑问，建议及时咨询专业律师，避免因处理不当导致损失扩大。

总结：企业申请退还土地时，定金是否扣除需结合合同约定、定金性质、不可抗力或情势变更等因素综合判断。建议企业首先与出让方协商，并保留相关证据；若协商无果，可依法通过诉讼或仲裁解决争议。如有进一步疑问，可直接向我咨询。