若父女亲子鉴定结果不一致，医学出生证明的填写需分情况处理：

1. 若出生证明已办理且信息无误
   根据《出生医学证明管理办法》，出生证明一经签发，原则上不得变更父亲信息。即使后续亲子鉴定显示生物学关系不成立，已签发的出生证明仍有效，但父亲可通过法律途径（如起诉确认非亲子关系）要求变更监护权或抚养义务，此时需另行通过法院判决处理身份关系，而非直接修改出生证明。

2. 若出生证明未办理或需首次登记
   若亲子鉴定结果直接影响父亲信息登记（如未婚生育、离婚后争议等），需以生物学证据为准。若鉴定排除生物学父女关系，则父亲信息栏应留白或填写“未知”，并备注说明鉴定情况。此时需同步提交鉴定报告至签发机构，由机构根据《管理办法》审核后决定是否标注特殊说明。

3. 特殊情形：收养或人工授精
   若孩子为收养或通过辅助生殖技术出生，需提供收养协议、精子库证明等材料。此时亲子鉴定结果不影响出生证明的合法性，但需在“父母信息”栏注明“养父”或“供精者（匿名）”等法律身份，并附相关证明文件。

关键提醒：出生证明的核心功能是证明孩子出生事实及初始身份关系，若亲子鉴定引发身份争议，需通过诉讼程序（如确认亲子关系之诉）解决法律身份问题，再凭生效判决申请变更出生证明或户籍登记。建议优先固定证据（如鉴定报告、出生记录），并咨询律师制定维权策略。

若有进一步疑问（如证据固定、诉讼流程），可直接向我提问。