上班期间交了商业保险并遭遇交通事故，赔偿应依据事故性质、责任划分及保险合同约定综合确定。

一. 事故性质与责任划分

1. 交通事故责任认定：首先，需要由交通管理部门对交通事故进行责任认定，确定事故各方责任比例。这是后续赔偿处理的基础。
2. 工伤认定：若交通事故发生在上班途中或下班途中，且劳动者不负主要责任，则可能构成工伤。此时，劳动者有权依据《工伤保险条例》申请工伤赔偿。

二. 商业保险赔偿

1. 商业保险类型：商业保险通常包括意外险、健康险、寿险等。在交通事故中，主要涉及的是意外险和健康险（如医疗保险）。
2. 赔偿范围与条件：具体赔偿需根据保险合同的约定。一般来说，意外险会覆盖因交通事故导致的伤残、死亡或医疗费用；医疗保险则可能报销因事故产生的医疗费用，但需注意免赔额、报销比例及报销范围等限制。
3. 赔偿流程：被保险人需及时向保险公司报案，并提供相关证明材料（如交通事故责任认定书、医疗费用发票等），以便保险公司进行理赔审核。

三. 综合赔偿处理

1. 工伤赔偿与商业保险赔偿并行：若交通事故同时构成工伤，劳动者可以同时申请工伤赔偿和商业保险赔偿。两者并不冲突，但具体赔偿项目和金额需根据各自规定确定。
2. 赔偿顺序与抵扣：在实际操作中，可能会存在赔偿顺序和抵扣问题。一般来说，应先由工伤保险或商业保险进行赔偿，不足部分再由其他责任方或相关保险进行补充。但具体顺序和抵扣规则需根据当地法律法规和保险合同约定确定。

我建议：在处理交通事故赔偿问题时，应首先明确事故性质和责任划分，然后依据保险合同约定和当地法律法规进行赔偿申请。如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。同时，也应注意保留好相关证据材料，以便后续理赔使用。如有进一步需要，您可以继续咨询我。