营运车辆在事故中负全责时，其停运损失主要由责任方（即营运车辆方或其保险公司）承担，具体需根据保险合同约定及法律规定来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、保险公司赔偿情形
交强险赔偿：
- 赔偿依据：根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，合理的停运损失可被视为财产损失的一部分。尽管交强险条款通常将间接损失列为除外责任，但部分法院在司法实践中会认为合理的停运损失属于交强险财产损失赔偿范围。
- 赔偿范围：交强险有责任财产损失赔偿限额为2000元，无责任财产损失赔偿限额为100元。若停运损失在此限额内，且法院认定属于交强险赔偿范围，则可获得赔偿。
商业三者险赔偿：
- 一般情况：商业三者险合同条款常明确约定停运损失等间接损失为免赔范围。若保险公司已履行提示和明确说明义务，则不承担停运损失的赔偿责任。
- 未履行提示说明义务：若保险公司未能证明其已就免责条款向投保人履行提示和明确说明义务，则该免责条款无效，保险公司需在商业三者险责任限额内赔偿停运损失。
二、侵权人（营运车辆方）赔偿情形
- 保险公司免赔：当保险公司依据保险合同条款对停运损失免责时，营运车辆方作为直接责任方，应对其合理停运损失承担赔偿责任。
- 超出保险限额：若停运损失超出交强险和商业三者险的赔偿限额，超出部分由营运车辆方承担。
- 特殊情形：
- 雇员侵权：若营运车辆方的驾驶员在执行工作任务过程中发生交通事故导致停运损失，根据《中华人民共和国民法典》规定，由用人单位（即营运车辆方）承担侵权责任。用人单位承担后，可向有故意或重大过失的驾驶员追偿。
- 挂靠经营：若营运车辆以挂靠形式从事道路运输经营，并发生交通事故造成停运损失，挂靠人和被挂靠人应承担连带责任，共同赔偿停运损失。
三、赔偿计算与证据提供
- 赔偿计算：确定停运损失时，需考虑事故责任比例、受损车辆运营收入情况、维修时间等因素。通常，停运损失的计算公式为：停运损失 = 日均运营收入 × 停运天数。
- 证据提供：受害者应提供相关证据和资料，如运营记录、收入证明、维修发票等，以准确计算和主张停运损失。
四、实际操作建议
- 咨询专业律师：在处理营运车辆停运损失问题时，建议首先咨询我这样的专业律师，以了解自身权益及赔偿途径。
- 与保险公司或侵权人协商：明确赔偿范围、金额及支付方式，并保留好相关证据和资料。
- 及时通过诉讼或调解维护权益：若协商无果，可及时通过诉讼或调解等方式维护自身权益，确保停运损失得到合理赔偿。
总结来说，营运车辆在事故中负全责时，其停运损失的承担需综合考虑交强险、商业三者险的保险条款以及侵权责任法的相关规定。在处理此类问题时，应明确责任主体、赔偿依据及计算方法，并寻求专业律师的帮助以确保自身权益得到充分保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。