营运车辆发生交通事故停用损失由事故责任方赔偿。具体分析如下：

1. 赔偿主体：

   • 责任方赔偿：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，侵害他人财产的，财产损失按照损失发生时的市场价格或者其他合理方式计算。营运车辆停运损失属于因侵权行为导致的间接财产损失，如果事故责任明确，责任方需承担停运期间的合理损失，包括车辆的维修期间以及因车辆无法运营导致的预期可得利益损失等。
   • 保险公司赔偿：在交强险范围内，部分法院认为合理的停运损失属于交强险财产损失赔偿范围，但有限额（有责任财产损失赔偿限额为2000元，无责任财产损失赔偿限额为100元）。对于商业三者险，若保险合同未明确将停运损失列为免赔范围，或保险公司未就免责条款向投保人履行提示和明确说明义务，则保险公司也需在责任限额内赔偿停运损失。

2. 赔偿证据：

   • 主张停运损失的一方需提供充分证据，如营运合同、收入流水、维修记录等，以证明车辆因事故确实产生了停运损失及损失的具体金额。

3. 赔偿程序：

   • 双方可首先进行协商，若协商不成，受损方可通过诉讼途径要求责任方及相关保险公司承担赔偿责任。

4. 特殊情形：

   • 若侵权人为雇员且在执行工作任务过程中发生交通事故，则由用人单位承担侵权责任。
   • 若营运车辆以挂靠形式从事道路运输经营，则挂靠人和被挂靠人应承担连带责任。

综上所述，营运车辆发生交通事故停用损失主要由事故责任方赔偿，同时需考虑保险公司的赔偿责任及特殊情形下的责任承担。在处理此类案件时，建议保留好相关证据，并咨询专业律师以确保自身权益得到充分维护。若您有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。