针对您提出的“公务车怎么开发票合法”的问题，这主要涉及到机动车增值税专用发票的开具流程。以下是根据国家税务总局及相关规定，为您详细梳理的合法开具公务车发票的步骤和注意事项：
一、机动车类增值税专用发票开具流程
选择发票类型：
- 在发票管理系统中，选择“正数发票填开”下的“增值税专用发票填开”选项。
- 在弹出的窗口中，选择开具“机动车类”发票。
维护购买方信息：
- 双击“名称”输入框，跳转至客户编码维护模块。
- 从现有客户信息中选择购买方，或直接在开票页面输入购买方的基本信息。
填写发票明细：
- 机动车类增值税专用发票的“规格型号”栏必须填写机动车的车辆识别代号/车架号。
- “单位”栏应选择“辆”，数量通常为1（除非是汇总开具清单的情况）。
- 如果销售的是非机动车整车（如材料、配件等），则不应通过此模块开具发票。
- 支持开具清单票，并允许添加折扣行。
开具并打印发票：
- 维护完发票明细后，点击“开具”或“开具并打印”按钮。
- 系统会根据台账内容校验发票明细的正确性，校验通过后完成发票开具。
- 发票打印时，左上角会打印“机动车”字样。
二、注意事项
税收分类编码：
- 必须正确选择机动车类商品和服务的税收分类编码，确保与销售业务相符。
车辆识别代号/车架号：
- 这是机动车发票的关键信息，必须准确填写，并与购销台账保持一致。
红字发票开具：
- 如果需要开具红字增值税专用发票（如因销售折扣、销售折让等），必须通过红字信息表导入开具，不允许手工填列或修改信息表。
- 红字信息表中的“规格型号”栏在仅涉及销售折扣、销售折让时，可不填写车辆识别代号/车架号。
合规性检查：
- 在开具发票前，应确保所有信息均符合国家税务总局及相关规定的要求。
- 发票开具后，应妥善保管相关凭证和台账，以备税务机关查验。
三、特殊情况处理
- 如果您是其他类型的企业（非生产企业），在开具机动车类增值税专用发票时，可能受到“以进控销”的控制，即您的开票数量不能超过您的进货数量。
- 特定企业和白名单企业可能不受此限制，但应确保所有开票行为均符合法律法规的要求。
综上所述，合法开具公务车发票的关键在于正确选择发票类型、准确填写发票明细（特别是车辆识别代号/车架号）、遵守红字发票开具规定，并确保所有开票行为均符合国家税务总局及相关规定的要求。如有任何疑问或不确定之处，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问以获取准确指导。