正当防卫被公司开除，一般情况下是不合法的，但具体还需根据实际情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、正当防卫的性质
正当防卫是法律赋予公民的一种权利，当公民面临不法侵害时，有权采取必要的防卫措施来保护自己或他人的人身、财产安全。这种防卫行为是合法的，不应受到处罚。
二、公司开除员工的合法性
依据规章制度开除：
- 如果公司规章制度中明确规定了打架斗殴等行为属于严重违反规章制度，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，员工也已知晓，那么公司依据此规章制度开除员工可能是合法的。但关键在于，员工的行为是否确实构成了规章制度中规定的“严重违反”。若员工的行为属于正当防卫，并未超出必要限度，且未造成严重后果，那么将其视为严重违反规章制度可能并不合理。
违法解除劳动合同：
- 如果公司无法证明员工的行为严重违反了规章制度，或者规章制度本身存在问题（如未经过民主程序制定、未公示等），那么公司开除员工的行为可能构成违法解除劳动合同。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位违法解除劳动合同的，应当向劳动者支付赔偿金，赔偿金的标准为经济补偿标准的二倍。
三、员工应采取的措施
收集证据：
- 员工应首先收集证据证明自己的行为属于正当防卫，如现场监控录像、证人证言等。这些证据将有助于证明员工的行为是合法的，不应受到处罚。
与公司协商：
- 在收集到足够证据后，员工可以与公司进行协商，要求公司撤销开除决定并恢复劳动关系。如果公司同意，那么问题将得到妥善解决。
申请劳动仲裁：
- 如果公司拒绝撤销开除决定或恢复劳动关系，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁。在仲裁过程中，员工需要提交相关证据来证明自己的主张。如果仲裁机构认定公司的开除行为违法，那么员工将有权获得赔偿金或其他救济措施。
四、可能的法律后果
- 如果公司的开除行为被认定为违法，那么员工除了有权获得赔偿金外，还可能要求公司恢复劳动关系或支付其他形式的补偿。
- 如果员工的正当防卫行为被误认为是不当行为，并因此受到了不公正的待遇，那么员工还可以考虑通过法律途径维护自己的名誉权和其他相关权益。
建议：如果您认为自己是因为正当防卫而被公司开除的，那么您应该尽快收集相关证据，并与公司进行协商。如果协商无果，您可以考虑向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，依法维护自己的权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。