结论：店长在没有收银员的情况下将钱花了，但后期补上了，是否会被起诉，取决于多种因素，包括但不限于款项的性质、用途、补上的时间以及是否造成了实际损失等。以下是从不同角度进行的分析。

一、款项性质与用途

1. 如果款项属于公司或店铺的营业款：

   • 店长作为管理者，有责任妥善保管这些款项。未经授权擅自使用，即使后期补上，也可能构成对职务的滥用或违反公司规定。
   • 如果款项被用于非法目的（如赌博、行贿等），则店长可能面临更严重的法律后果，包括刑事指控。

2. 如果款项属于店长个人所有，但误用了公司或店铺的款项：

   • 这种情况下，店长虽然主观上可能没有侵占的故意，但客观上造成了公司或店铺资金的暂时缺失。
   • 后期补上款项可以视为一种补救措施，但并不能完全免除其可能承担的法律责任，尤其是如果因此给公司或店铺造成了实际损失。

二、补上款项的时间与方式

1. 及时补上：

   • 如果店长在发现误用款项后立即采取措施补上，且没有给公司或店铺造成实际损失，那么被起诉的可能性相对较小。
   • 但这并不意味着店长完全免责，因为其行为可能仍然违反了公司规定或职业道德。

2. 延迟补上或未完全补上：

   • 如果店长延迟补上款项或未完全补上，导致公司或店铺遭受了实际损失，那么被起诉的可能性将大大增加。
   • 在这种情况下，公司或店铺有权要求店长赔偿损失，并可能通过法律途径追究其责任。

三、是否造成实际损失

1. 造成实际损失：

   • 如果店长的行为导致公司或店铺遭受了实际损失（如资金短缺导致的运营困难、客户流失等），那么被起诉的可能性很高。
   • 公司或店铺可能会要求店长赔偿损失，并可能通过民事诉讼或刑事诉讼来维护自己的权益。

2. 未造成实际损失：

   • 如果店长的行为没有给公司或店铺造成实际损失（如及时补上款项且未影响正常运营），那么被起诉的可能性相对较小。
   • 但这并不意味着店长可以完全免责，因为其行为可能仍然违反了公司规定或职业道德规范。

四、法律建议

• 对于店长：如果发生了类似情况，应立即向公司或店铺管理层报告，并采取措施尽快补上款项。同时，应主动配合公司或店铺的调查，并承担相应的责任。
• 对于公司或店铺：如果发现店长有擅自使用款项的行为，应及时进行调查，并根据调查结果采取相应的措施。如果造成了实际损失，可以考虑通过法律途径追究店长的责任。

总结：店长在没有收银员的情况下将钱花了但后期补上了，是否会被起诉取决于多种因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。