关于九四年农转非进入小城镇后，第二轮土地延包发有经营权证书是否合法的问题，需分情况讨论：

1. 农转非与土地承包经营权的关系

   • 农转非，即农业户口转为非农业户口，这一转变本身并不直接导致土地承包经营权的丧失。土地承包经营权的取得与保持，主要依据的是土地承包合同以及相关的法律法规，而非户口性质。
   • 在九四年，即第二轮土地延包期间，如果农户（或原农户成员，即便已农转非）仍然符合土地承包的条件，且与发包方签订了土地承包合同，那么他们就有权获得土地承包经营权证书。

2. 第二轮土地延包的合法性

   • 第二轮土地延包是在国家政策指导下进行的，旨在稳定和完善农村土地承包关系，保障农民的土地权益。只要延包过程符合当时的法律法规和政策要求，那么发放的土地承包经营权证书就是合法的。
   • 具体来说，如果延包时遵循了公开、公平、公正的原则，确保了农户的知情权、参与权和选择权，且没有违反法律法规的强制性规定，那么发放的经营权证书就是有效的。

3. 农转非后土地承包经营权的处理

   • 对于农转非后的人员，如果他们在农村仍然有承包地，并且希望继续保留土地承包经营权，那么他们需要与发包方协商，看是否可以按照相关规定继续承包土地。
   • 如果协商成功，并且符合法律法规的要求，那么他们可以继续持有土地承包经营权证书。如果协商不成，或者不符合继续承包的条件，那么他们可能需要放弃土地承包经营权。

4. 合法性判断的具体依据

   • 要判断九四年农转非进入小城镇后发放的土地承包经营权证书是否合法，需要查看当时的土地承包合同、延包政策以及相关的法律法规。
   • 如果合同、政策以及法律法规都明确支持农转非人员继续持有土地承包经营权证书，并且延包过程没有违规行为，那么该证书就是合法的。

法律建议：

• 如果您对土地承包经营权证书的合法性有疑问，建议首先查阅当时的土地承包合同、延包政策以及相关的法律法规。
• 如果仍然无法确定，可以咨询当地的农业部门或土地管理部门，了解具体的政策执行情况和证书发放的依据。
• 如有必要，也可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径来维护自己的合法权益。

可能存在的法律后果：

• 如果土地承包经营权证书被认定为不合法，那么持证人可能需要返还土地，并可能面临一定的法律责任。
• 因此，在处理此类问题时，务必谨慎对待，确保自己的权益得到合法保障。

如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。