关于您提出的承包地发包时间与承包经营权证时间不一致的问题，首先明确结论：承包经营权证上标注的时间为1999年，而实际承包地是2006年发包的，这一情况本身并不直接等同于经营权证不合法或造假，但需要结合具体情况和相关法律规定来综合判断其合法性。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、承包经营权证的时间效力
承包经营权证的颁发依据：
- 承包经营权证是农村土地承包经营权的法律凭证，其颁发应当基于合法的承包合同。如果1999年的承包经营权证是基于当时有效的承包合同颁发的，且该合同在后续没有因法定原因被撤销或变更，那么该证书在法律上仍然是有效的。
时间不一致的可能原因：
- 证书未更新：可能是由于行政程序上的延误或疏忽，导致承包经营权证上的时间未随实际承包时间的变更而更新。
- 承包合同变更：如果2006年的发包行为是基于对原承包合同的变更或续签，而承包经营权证未及时反映这一变更，也可能出现时间不一致的情况。
- 历史遗留问题：在农村土地承包制度改革的初期，可能存在一些制度不完善或执行不规范的情况，导致证书时间与实际承包时间不符。
二、合法性判断
核查承包合同：
- 要判断承包经营权证的合法性，首先需要核查1999年的承包合同以及后续是否有关于此承包地的变更或续签协议。如果合同内容合法、有效，且未因法定原因被撤销或变更，那么基于该合同颁发的承包经营权证在法律上应当是有效的。
行政程序合规性：
- 还需要检查颁发承包经营权证的行政程序是否合规。如果行政程序存在违法或违规情况，如未按照法定程序进行颁发、未进行必要的公示或听证等，那么该证书的合法性可能会受到质疑。
实际承包情况：
- 实际承包情况也是判断合法性的重要依据。如果2006年的发包行为得到了相关部门的批准或认可，且实际承包人已经按照约定履行了承包义务，那么即使承包经营权证上的时间未更新，也不应直接否定其合法性。
三、建议与措施
核查相关证据：
- 建议您首先核查1999年的承包合同以及后续关于此承包地的所有相关文件，包括变更协议、续签协议等，以确认承包经营权的真实情况和法律状态。
咨询相关部门：
- 如果您对承包经营权证的合法性存在疑问，可以咨询当地农村土地承包管理部门或农业行政主管部门，了解证书颁发的具体情况和行政程序是否合规。
法律途径解决：
- 如果您认为承包经营权证存在违法或违规情况，且无法通过协商或行政途径解决，可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。例如，可以向人民法院提起行政诉讼，要求撤销或变更不合法的承包经营权证。
最后需要强调的是，农村土地承包经营权问题涉及复杂的法律关系和行政程序，建议您在处理此类问题时务必谨慎对待，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您有任何关于农村土地承包经营权或其他法律问题的疑问，欢迎直接向我咨询。