医疗机构在立案后一般不可以随意注销，但在特定条件下可能完成注销程序。具体分析如下：

1. 立案后注销的合法性限制
   根据《医疗机构管理条例》及《公司法》相关规定，医疗机构作为法人主体，若涉及诉讼或行政调查（即“立案”），其注销程序需以不损害利害关系人权益为前提。若医疗机构在立案后直接注销，可能导致诉讼主体灭失，进而影响案件审理、责任追究及赔偿执行，因此司法机关或行政机关通常会通过法律程序阻止其注销。

2. 例外情形：完成清算与债务处理
   若医疗机构在立案后启动注销程序，需严格履行清算义务：

   • 清算组成立：由医疗机构或债权人申请法院指定清算组，对资产、负债进行全面清查；
     
   • 债务清偿：优先清偿职工工资、社保费用、税款及普通债权，剩余财产按股东出资比例分配；
     
   • 注销登记：在清算报告经股东会/股东大会确认，并完成税务、工商注销登记后，医疗机构方可终止。
     但需注意：若清算过程中发现医疗机构存在恶意转移资产、隐匿债务等行为，法院可裁定撤销注销登记，恢复其法人资格以承担法律责任。

3. 司法实践中的处理原则
   法院在审理涉及医疗机构的案件时，若发现其已注销但未完成清算，可能依据《民事诉讼法》及《公司法司法解释》相关规定，追加原医疗机构股东、实际控制人为被告，要求其在未出资范围内承担连带责任。此外，行政机关在调查医疗机构违法违规行为时，若发现其注销系为逃避处罚，可依法撤销注销决定并恢复行政处罚程序。

建议：若医疗机构面临立案调查或诉讼，应优先通过合法途径解决纠纷（如协商、调解或应诉），而非试图通过注销逃避责任。如有具体案件需求，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供法律分析。