国企因迟到未打卡而扣钱是否违法，需结合具体情况判断，但通常不直接构成违法，关键在于扣款是否符合法律规定及公司制度。以下从不同角度进行分析：

1. 公司制度合法性

• 制度依据：国企作为用人单位，有权根据《劳动合同法》及相关规定制定内部规章制度，包括考勤管理和奖惩措施。若公司制度明确规定迟到未打卡的扣款标准，且该制度已通过民主程序（如职工代表大会讨论）并公示给员工，则扣款行为具有合法性基础。
• 例外情形：若公司制度未经过民主程序或未公示，或扣款标准明显不合理（如超出法定比例），则可能因程序违法或内容违法而被认定无效。

2. 扣款合法性

• 法定限制：根据《工资支付暂行规定》，因员工过失造成的经济损失，用人单位可按合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%。若扣款金额超过此限制，则属于违法。
• 合理性审查：即使制度合法，扣款金额也需合理。例如，迟到几分钟扣款数百元可能被认定为不合理，法院或劳动仲裁机构可能调整扣款金额。

3. 员工权益保护

• 异议权：员工若认为扣款违法或不合理，可先与公司协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 举证责任：员工需提供证据证明扣款违法（如制度未公示、扣款超标等），公司则需证明扣款符合制度且合理。

4. 实务建议

• 核查制度：员工应首先核查公司考勤制度是否合法有效，包括是否经过民主程序、是否公示等。
• 计算扣款：核对扣款金额是否超过当月工资的20%，若超过可主张违法。
• 保留证据：保留考勤记录、扣款通知等证据，以备维权之需。

总结

国企因迟到未打卡扣款是否违法，需结合公司制度合法性、扣款金额合理性及员工权益保护等多方面因素综合判断。若公司制度合法且扣款金额未超法定限制，则扣款行为通常合法；反之，则可能违法。员工若对扣款有异议，可通过协商、投诉或仲裁等途径维护自身权益。如有具体疑问或需进一步法律帮助，可直接向我咨询。