企业确实有资格且在一定情况下应当对员工的“挂证”行为进行处罚。以下是对这一问题的详细解答：

一、“挂证”行为的定义与危害

“挂证”行为指的是专业技术人员（如注册工程师、注册建筑师、执业药师等）的注册单位与实际工作单位不一致，或者出租出借注册执业资格证书的行为。这种行为不仅违反了相关法律法规，还破坏了行业的正常秩序，可能导致工程质量下降，甚至造成安全责任事故隐患。在药品零售领域，“挂证”执业药师还可能影响人民群众的用药安全。

二、企业处罚“挂证”行为的依据

1. 法律法规依据：

   • 多个行业和领域都有针对“挂证”行为的专项治理通知或规定，如工程建设领域的《关于开展工程建设领域专业技术人员违规“挂证”行为专项治理的通知》，以及药品零售领域的《市场监管局关于开展药品零售企业执业药师“挂证”行为专项整治工作的通知》等。
   • 这些通知或规定明确指出了“挂证”行为的违法性和危害性，并要求企业和个人进行自查自纠，对违规行为进行严肃查处。

2. 企业内部管理规定：

   • 企业在遵守国家法律法规的基础上，可以制定更为详细和严格的企业内部管理规定，明确对“挂证”行为的处罚措施。
   • 这些规定通常包括警告、罚款、解除劳动合同等处罚方式，旨在维护企业的正常运营秩序和行业声誉。

三、企业处罚“挂证”行为的具体措施

1. 自查自纠阶段：

   • 企业应组织员工进行自查自纠，要求存在“挂证”行为的员工主动申请注销相关证书。
   • 企业应如实填报自查自纠表，并按时报送相关部门。

2. 排查处理阶段：

   • 企业应积极配合相关部门的排查工作，提供必要的台账信息和资料。
   • 对于违规使用“挂证”人员且无故拒不履行注销义务的企业，相关部门将予以通报，并对其承建项目的主要管理、技术人员到岗履职情况进行查处。
   • 企业内部也可以根据自查自纠和排查处理的结果，对涉及“挂证”行为的员工进行相应的处罚。

3. 长期监管与处罚：

   • 企业应建立长期监管机制，定期对员工的执业资格和注册情况进行检查。
   • 对于发现存在“挂证”行为的员工，企业应依据内部管理规定进行严肃处理，包括但不限于警告、罚款、解除劳动合同等。

四、建议与措施

1. 加强宣传教育：

   • 企业应加强对员工的法律法规和职业道德教育，提高员工对“挂证”行为危害性的认识。
   • 通过培训、讲座等形式，引导员工树立正确的职业观和价值观。

2. 完善内部管理：

   • 企业应完善内部管理制度，明确对“挂证”行为的处罚措施和流程。
   • 建立员工执业资格和注册情况的动态管理机制，确保信息的准确性和及时性。

3. 积极配合监管：

   • 企业应积极配合相关部门的监管工作，提供必要的支持和协助。
   • 对于监管部门提出的整改意见和要求，企业应认真对待并按时完成整改。

综上所述，企业确实有资格且在一定情况下应当对员工的“挂证”行为进行处罚。这不仅是为了维护企业的正常运营秩序和行业声誉，更是为了保障工程质量安全和人民群众的用药安全。