中外科研院所合作协议一般不可以约定同时适用两国法律。以下从法律原则、实践应用及潜在风险三个角度进行详细分析：
一、法律原则层面
根据《中华人民共和国涉外民事关系法律适用法》的相关规定，涉外民事关系适用的法律需依照本法确定。该法并未明确允许合同双方约定同时适用两个或多个国家的法律。在涉外民事关系中，法律适用通常遵循单一性原则，即确定一个具体的法律体系作为适用依据，以确保法律适用的确定性和可预测性。因此，从法律原则层面来看，中外科研院所合作协议约定同时适用两国法律，可能缺乏明确的法律依据。
二、实践应用层面
合同执行困难：若合作协议中约定同时适用两国法律，在合同执行过程中可能面临诸多困难。例如，当两国法律对同一问题存在不同规定时，如何确定适用哪国法律将成为争议焦点。这不仅增加了合同执行的复杂性，也可能导致合同无法顺利履行。
司法管辖冲突：同时适用两国法律还可能引发司法管辖冲突。不同国家的法院对同一法律问题的解释和适用可能存在差异，这可能导致当事人面临双重诉讼或司法裁决不一致的风险。
国际惯例与通行做法：在国际商业实践中，合同双方通常会在协议中明确约定一个具体的法律体系作为适用依据，以避免法律适用上的不确定性和风险。这种做法有助于维护合同的稳定性和可预测性，促进国际商业合作的顺利进行。
三、潜在风险与建议
法律风险：约定同时适用两国法律可能增加合同双方的法律风险。由于两国法律体系可能存在差异，当事人可能面临无法预见的法律后果和责任。
建议：为了避免潜在的法律风险，中外科研院所在签订合作协议时，应明确约定一个具体的法律体系作为适用依据。这可以根据合作项目的性质、双方的需求以及最密切联系原则等因素进行综合考虑。同时，双方还可以在协议中约定争议解决方式，如仲裁或诉讼等，以进一步降低法律风险。
特殊情况说明：虽然一般情况下不允许同时适用两国法律，但在某些特殊情况下，如涉及跨国多式联运合同等复杂法律关系时，可能需要根据具体情况和国际惯例进行特殊安排。然而，这种情况并不适用于一般的中外科研院所合作协议。
综上所述，中外科研院所合作协议一般不可以约定同时适用两国法律。在签订合作协议时，双方应明确约定一个具体的法律体系作为适用依据，以确保合同的稳定性和可预测性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。