病假工资扣除五险一金后实发工资为零，这种情况是否合法需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律规定病假工资的底线
为保障劳动者在患病或非因工负伤治疗期间的基本生活，各地均规定了病假工资的最低标准。通常，这一标准不得低于当地最低工资标准的一定比例，如大部分地区规定病假工资不得低于当地最低工资标准的80%。具体比例可能因地区及劳动者的连续工龄而异。例如，在上海，职工疾病或非因工负伤连续休假在6个月以内的，根据连续工龄的不同，病假工资按本人工资的60%至100%不等计发，但不得低于当年本市企业职工最低工资标准的80%。
若扣除五险一金后实发工资低于当地最低工资标准的80%，则用人单位的行为不合法。因为病假工资作为员工在病假期间的一种待遇，其发放标准应不低于当地最低工资标准的80%。在发放病假工资时，用人单位通常会扣除个人应缴纳的五险一金部分，但扣除后的实发工资不能低于这个标准。如果扣除五险一金后低于这个标准，用人单位应当补足差额。
二、工资与社保缴费基数的关系
工资过低导致扣除后为零：若劳动者工资本身较低，按规定计算的长病假工资数额也可能不高。当病假工资低于五险一金个人缴纳部分时，就可能出现扣除后到手为零的情况。但这并不意味着用人单位可以随意降低病假工资，仍需遵守法律规定的底线。
缴费基数合规性：五险一金的缴费基数应按规定确定，一般基于劳动者上一年度的月平均工资，且不得低于当地规定的最低缴费基数。若用人单位擅自提高缴费基数，导致劳动者实际获得的工资（扣除五险一金后）低于法定的病假工资底线，这种做法是不合法的。
三、劳动合同与单位规章制度的约定
合同与制度约定：劳动合同或单位规章制度中可能明确规定了长病假工资的计算方式和扣除项目。若这些规定不违反法律法规的强制性规定，且按照约定执行后扣除五险一金到手为零，则可能视为正常。但前提是这些规定必须合法、合理。
合法性审查：若劳动合同或单位规章制度中的规定违反了法律法规关于病假工资的底线要求，如约定的病假工资过低，那么这种规定是无效的。劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付病假工资，并确保扣除五险一金后仍有合理收入。
四、劳动者权益保护
若劳动者认为长病假工资扣除五险一金后到手为零不合理，应首先与用人单位进行沟通协商，要求说明计算依据和扣除明细。若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
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