公司制度中的有奖有罚原则本身并不违法，但具体实施方式需严格遵守相关法律法规，确保不损害员工的合法权益。以下从不同角度为您详细分析：
奖励制度的合法性
合法激励：公司对表现优秀的员工进行奖励，如奖金、晋升机会等，是合法的激励措施。这有助于提升员工的工作积极性和整体业绩，符合《劳动法》中关于鼓励企业通过合理方式激励员工的规定。
明确告知：奖励制度应事先明确告知员工，包括奖励的条件、标准、形式等，确保员工在了解并同意的基础上参与工作。
罚款制度的违法性
罚款权力的限制：根据现行法律法规，用人单位不再具有对劳动者进行罚款的权力。罚款属于行政处罚范畴，只能由具有法定权限的行政机关或法律授权的组织实施。因此，公司不能直接对员工进行罚款处罚。
替代措施：若员工违反公司规定或未达到工作标准，公司可以通过其他合法方式进行处理，如警告、记过、降职等，但这些措施也需在劳动合同或规章制度中明确约定，并遵循公平合理原则。
绩效惩罚的合法性边界
劳动合同约定：若劳动合同中明确约定了绩效工资及相应的惩罚制度，且该制度不违反法律法规，公司在员工未达到绩效标准时可以进行合理的绩效扣减。但此扣减不得违反《劳动法》关于工资支付的规定，即工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
公平合理原则：绩效惩罚制度应遵循公平合理原则，绩效评估应基于客观标准，并为员工提供改进机会和具体指导。公司应确保绩效评估过程的透明性和公正性，避免主观臆断或歧视性行为。
具体操作与注意事项
规章制度制定：公司应制定完善、合理且明确的业绩奖罚规章制度，并经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），向员工进行公示告知。这有助于确保制度的合法性和有效性。
遵守劳动基准法：业绩奖罚制度不得违反劳动基准法的相关规定，如不得使员工工资低于当地最低工资标准，不得过度加重员工劳动强度，不得侵犯员工的休息休假权利等。
提前通知与书面说明：在实施绩效惩罚前，公司应提前通知员工，并详细说明惩罚的原因、依据和具体执行方式。通知应以书面形式给予，确保员工有足够的时间了解并提出异议。
扣除上限与比例限制：公司扣除员工工资的比例应遵守相关法律法规的限制，通常不得超过员工工资的20%。超过此限制可能被视为不合法。
避免歧视与不合理差别对待：业绩奖罚制度应公平对待所有员工，不得基于性别、种族、宗教等不合理因素进行差别对待。
员工权益保护
公司在实施有奖有罚的制度时，必须确保制度的合法性、合理性和公平性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。