非营利性医院收到虚开发票，核心处理原则是立即停止使用并主动纠正，否则可能面临税务处罚、行政责任甚至刑事风险。具体处理步骤及法律分析如下：

1. 立即停止使用虚开发票，核查发票来源

• 停止入账：若发票已用于报销、记账或税务申报，需立即红冲或作废相关凭证，避免虚增成本、偷逃税款的违法后果。
• 核查流程：追溯发票来源（如供应商、采购环节），确认是否存在故意接受虚开发票或因疏忽未审核发票真实性的情况。
• 法律风险：根据《发票管理办法》第22条，虚开发票包括“为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票”，接受虚开发票可能被认定为“善意取得”或“恶意取得”，后者需承担补税、罚款等责任。

2. 区分“善意取得”与“恶意取得”，采取不同措施

• 善意取得虚开发票（需同时满足）：
  1. 购货方与销售方存在真实交易；
  2. 发票内容与真实交易一致；
  3. 购货方不知销售方提供的发票为虚开。
  • 处理方式：根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》，需补缴对应税款，但可免除罚款或滞纳金。需向税务机关提供交易合同、付款凭证等证据证明善意。
• 恶意取得虚开发票（如明知发票虚假仍使用）：
  • 处理方式：税务机关将追缴税款、加收滞纳金，并处0.5倍至5倍罚款；若涉及金额较大，可能构成《刑法》第205条“虚开增值税专用发票罪”的共犯，需承担刑事责任。

3. 主动向税务机关报告并配合调查

• 报告义务：根据《税收征收管理法》第63条，纳税人需在发现发票问题后15日内向税务机关报告，否则可能被认定为“隐瞒”。
• 配合调查：提供交易合同、物流单据、付款记录等证据，证明交易真实性及自身无主观故意。
• 法律后果：主动报告可争取从轻处理（如减免罚款）；隐瞒不报可能被认定为“偷税”，面临更严厉处罚。

4. 完善内部合规机制，避免再次发生

• 发票审核流程：建立“三流一致”（合同流、资金流、货物流）审核制度，要求供应商提供发票查验平台（如国家税务总局全国增值税发票查验平台）的查验结果。
• 员工培训：定期组织财务、采购人员学习发票管理法规，明确虚开发票的法律风险。
• 供应商管理：对频繁提供异常发票的供应商列入黑名单，终止合作。

5. 非营利性医院的特殊注意事项

• 免税资格影响：若医院享受非营利性医疗机构免税政策（如《财政部 国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》），虚开发票可能导致税务机关质疑其“非营利性”属性，进而取消免税资格。
• 公益属性保护：作为公益机构，需避免因税务问题损害社会信誉，建议同步向主管部门（如卫健委）报告情况，说明整改措施。

总结建议：非营利性医院收到虚开发票后，应第一时间停止使用、核查来源、区分善意恶意、主动报告税务机关，并完善内部合规机制。若涉及复杂情况（如大额发票、跨区域交易），建议整理相关证据后向我进一步咨询，我将结合具体案情提供法律意见。