针对您提出的“医院购药虚开发票怎么处理”的问题，这是一个涉及税务合规和法律责任的重要事项。以下是我根据相关法律法规和税务实践，为您提供的详细解答：
一、虚开发票的定义与法律后果
根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关法律规定，虚开发票主要包括以下几种情形：
- 为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
- 让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
- 介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
虚开发票是违法行为，一旦查实，将面临严厉的法律制裁，包括但不限于罚款、没收违法所得、甚至刑事处罚。例如，四川省攀枝花市就曾查处一起向医药企业虚开增值税发票案件，犯罪分子因犯虚开发票罪被判处有期徒刑并并处罚金。
二、医院购药收到虚开发票的处理方式
不予抵扣进项税款或办理出口退税：
- 如果医院在购药过程中收到了虚开的发票，根据规定，这些发票不得用于抵扣进项税款或办理出口退税。
- 如果已经抵扣了进项税款或办理了出口退税，应依法追缴。
加强财务管理与发票查验：
- 医院应加强财务管理，建立严格的发票审核制度，确保所有发票的真实性和合法性。
- 利用税务机关提供的免费查询渠道，如全国增值税发票查验平台、税务数字账户等，对取得的发票进行真伪查验。
- 对不符合规定的发票及时拒收，不作为财务凭证入账。
善意取得虚开发票的特殊处理：
- 如果医院在不知情的情况下善意取得了虚开的发票，并用于了进项抵扣或办理出口退税，根据国家税务总局的相关规定，不以偷税或者骗取出口退税论处。
- 但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；如果已经抵扣或退税，应依法追缴。
- 若医院能够重新从销售方取得合法、有效的专用发票，则依法准予抵扣进项税款或者出口退税。
对异常扣税凭证的处理：
- 如果医院取得的增值税专用发票被列入异常凭证范围，应按照税务机关的规定处理，如暂不允许抵扣进项税额、暂不允许办理出口退税等。
- 如果医院对税务机关认定的异常凭证存有异议，可以向主管税务机关提出核实申请，并提交相关证明材料。经核实符合规定的，可继续申报抵扣或重新申报出口退税。
三、建议与措施
- 完善内部管理制度：医院应建立健全的财务管理和发票审核制度，确保所有购药发票的真实性和合法性。
- 加强员工培训：定期对财务人员进行税务法规和发票管理方面的培训，提高他们的合规意识和操作技能。
- 积极配合税务机关：如果医院在购药过程中遇到了虚开发票的问题，应积极配合税务机关的调查和处理工作，及时提供相关证据和资料。
综上所述，医院在购药过程中收到虚开发票时，应严格按照税务法规的规定进行处理，确保自身的合规性和税务安全。同时，医院也应加强内部管理和员工培训，提高防范虚开发票的能力。