单位拆除职工自建房是否违法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、自建房性质与土地使用权
合法自建房：
- 若职工自建房是在合法取得的宅基地或经批准的建设用地上，按照规划要求建设，且已取得相关产权证书（如房产证），则该房屋属于职工的合法财产。
- 单位无权擅自拆除：在此情况下，单位未经法定程序（如协商补偿、申请行政强制执行等）擅自拆除职工自建房，可能构成侵权，需承担相应的法律责任，包括赔偿损失等。
违法自建房：
- 若职工自建房是在未取得合法土地使用权、未按照规划要求建设或未取得相关产权证书的情况下建设的，则该房屋可能属于违法建筑。
- 单位拆除的合法性：对于违法建筑，相关部门有权依法进行拆除。但单位作为非行政机关，一般无权直接拆除，除非其获得了相关行政部门的授权或委托。若单位擅自拆除，可能面临行政处罚或民事赔偿。
二、拆除程序与法律依据
合法拆除程序：
- 无论自建房是否合法，单位若需拆除，均应遵循法定程序。对于合法房屋，应与职工协商补偿事宜，达成一致后签订补偿协议，并办理相关手续。对于违法建筑，应向相关部门报告，由相关部门依法进行拆除。
- 程序违法后果：若单位未遵循法定程序进行拆除，可能构成程序违法，需承担相应的法律责任。
法律依据：
- 拆除行为需依据相关法律法规进行，如《中华人民共和国城乡规划法》、《中华人民共和国土地管理法》等。这些法律法规对拆除违法建筑、保护合法财产等均有明确规定。
三、建议与应对措施
对于职工：
- 若认为单位拆除行为违法，可收集相关证据（如房屋产权证书、拆除现场照片、视频等），向相关部门投诉或提起诉讼，维护自身合法权益。
- 及时咨询：在处理此类纠纷时，建议及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。
对于单位：
- 在拆除职工自建房前，应充分了解房屋性质、土地使用权情况等，确保拆除行为合法合规。
- 遵循程序：若需拆除，应遵循法定程序，与职工协商补偿事宜，并办理相关手续。避免因程序违法而承担不必要的法律责任。
总结来说，单位拆除职工自建房是否违法，需根据自建房的性质、土地使用权情况以及拆除程序是否合法等因素进行综合判断。若您面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更准确的法律建议。