关于酒店和去哪儿网签订协议后，住宿发票由谁开具的问题，这主要取决于双方协议中的具体约定以及相关的税务法规。不过，我可以根据一般情况和行业惯例，给您一个较为清晰的解答。
一般情况：
酒店直接开具：
- 在大多数情况下，如果酒店与去哪儿网签订的是代理销售协议（即去哪儿网作为酒店的代理商，帮助酒店销售房间），那么发票通常由酒店直接开具给消费者。这是因为酒店是实际提供住宿服务的一方，根据税务法规，提供服务的一方有义务开具相应的发票。
去哪儿网代开或协助开具：
- 在某些特殊情况下，如果去哪儿网与酒店签订的是包销协议或其他特殊形式的合作协议，且协议中明确规定了由去哪儿网负责开具发票，那么发票可能会由去哪儿网代开或协助酒店开具。但这种情况相对较少，且需要双方有明确的协议约定。
行业惯例与税务法规：
- 根据税务法规，提供应税劳务、转让无形资产或销售不动产的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照规定缴纳增值税，并开具相应的发票。在酒店住宿服务中，酒店是提供应税劳务的一方，因此通常负责开具发票。
- 行业惯例也倾向于由实际提供服务的一方开具发票，以确保发票的真实性和合法性。
建议：
- 如果您作为消费者，在预订酒店时遇到了发票开具的问题，建议您首先查看与去哪儿网或酒店签订的预订协议或合同，看其中是否有关于发票开具的明确约定。
- 如果没有明确的约定，或者您对约定内容有疑问，您可以联系去哪儿网的客服或酒店的财务部门，询问发票的具体开具方式和流程。
- 如果双方无法就发票开具问题达成一致，您可以考虑向当地的税务部门或消费者协会寻求帮助和咨询。
综上所述，住宿发票的开具方主要取决于酒店与去哪儿网之间的协议约定以及相关的税务法规。在大多数情况下，发票由酒店直接开具给消费者。