核心结论：三方询价采购单交付2年后被查违规，需根据违规性质、证据情况、时效规定等综合因素，通过自查整改、配合调查、提出异议或申诉、承担法律责任等途径处理。以下是具体分析：

一、明确违规性质与后果

1. 违规类型：需先明确违规的具体类型，如程序违规（未按规定流程询价、评审）、实体违规（供应商资质不符、价格虚高）、廉洁违规（利益输送、收受回扣）等。不同违规类型对应的法律后果和整改要求不同。
2. 法律后果：根据《政府采购法》《招标投标法》及相关实施条例，违规可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得、列入不良行为记录名单）、民事赔偿（如对其他供应商的损失赔偿）、刑事责任（如构成行贿罪、受贿罪）等。

二、核查证据与时效规定

1. 证据核查：需核查采购单、询价记录、合同、交付凭证、验收报告等文件是否完整、真实，是否存在篡改或伪造。若证据链完整，违规事实可能被认定；若证据缺失或存在矛盾，可提出抗辩。
2. 时效规定：根据《行政处罚法》，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚（法律另有规定的除外）。但若违规行为持续存在（如长期未履行合同义务），或涉及刑事犯罪，时效可能不受限制。需结合具体时间节点判断是否已过追责期。

三、处理路径与建议

1. 自查整改：若违规属实且未造成严重后果，可主动向采购人或监管部门提交自查报告，说明违规原因、整改措施（如补全程序、重新询价）及预防机制，争取从轻处理。
2. 配合调查：若被监管部门立案调查，需积极配合提供材料、接受询问，避免拒不配合导致处罚加重。同时，可委托律师协助梳理证据、制定应诉策略。
3. 提出异议或申诉：若认为违规认定有误（如证据不足、程序违法），可在收到处罚决定后依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销或变更处罚。
4. 承担法律责任：若违规事实清楚且无法抗辩，需按处罚决定承担责任（如缴纳罚款、解除合同），并主动修复信用记录（如申请移出不良行为记录名单）。

四、预防与合规建议

1. 完善内控制度：建立询价采购的标准化流程，明确各环节责任人、审批权限和文档管理要求，避免程序漏洞。
2. 加强培训与监督：定期对采购人员开展合规培训，强化廉洁意识；通过内部审计或第三方机构对采购项目进行抽查，及时发现并纠正问题。
3. 保留完整证据：在采购过程中妥善保存所有文件（包括电子数据），确保可追溯、可验证，降低后续纠纷风险。

提示：具体处理需结合违规细节、证据情况及当地监管政策，建议提供更多信息（如违规类型、处罚决定内容）以便进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询。