对于政府采购违法行为超过二年的处理问题，核心结论取决于违法行为的性质、是否被发现以及相关法律的具体规定，通常分为以下几种情况：

1. 违法行为未被发现，超过二年一般不再处罚
   根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。”
   若政府采购违法行为在二年内未被监管部门发现，且不属于“涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果”的特殊情形，则超过二年后，行政机关通常不再对违法行为人进行行政处罚（如罚款、没收违法所得等）。

2. 违法行为已被发现或立案，不受二年期限限制
   若违法行为在二年内已被监管部门发现、立案调查，或违法行为人主动承认违法事实，则即使超过二年，行政机关仍可依法追究责任，不受二年期限的限制。例如，采购人、供应商或代理机构在调查期间配合调查或承认违法，行政机关可继续处理。

3. 刑事责任不受二年期限限制
   若政府采购违法行为涉嫌犯罪（如贪污贿赂、滥用职权等），则适用《中华人民共和国刑法》的追诉时效规定。根据犯罪情节轻重，追诉时效可能为五年、十年、十五年或二十年。只要在追诉时效内，司法机关均可依法追究刑事责任，不受行政处罚法二年期限的限制。

4. 民事责任或合同效力问题需单独分析
   若违法行为涉及合同效力（如串通投标导致合同无效），或需承担民事赔偿责任（如因违法采购给其他主体造成损失），则适用《中华人民共和国民法典》关于诉讼时效的规定（通常为三年）。即使行政处罚期限已过，受害方仍可在诉讼时效内主张民事权利。

建议：

• 若您是违法行为人，需结合具体行为性质、是否已被发现等因素，评估法律风险；
  
• 若您是受害方或监管部门，可依据上述规则，选择行政、刑事或民事途径维护权益。
  

如有进一步细节（如违法行为类型、是否已被调查等），可直接向我咨询，我会结合具体情形为您详细分析。