针对“自行采购项目违规了怎么处理”的问题，首先需要明确的是，无论是政府采购还是企业自行采购，一旦发现违规行为，都需要采取相应的措施进行纠正和处理。以下是一些建议的处理步骤：

一、立即停止违规行为

一旦发现采购项目存在违规行为，应立即停止相关行为，避免违规行为的持续发生和扩大影响。

二、内部调查与整改

1. 成立调查小组：由公司内部审计或合规部门牵头，成立专门的调查小组，对违规行为进行详细调查。
2. 查明事实：通过查阅采购文件、合同、付款记录等相关资料，以及与相关人员谈话等方式，查明违规事实。
3. 制定整改措施：根据调查结果，制定具体的整改措施，包括但不限于修订采购流程、加强内部控制、提高员工合规意识等。

三、主动报告与沟通

1. 向公司高层报告：将违规情况及整改措施向公司高层报告，确保公司高层对违规情况有全面了解，并支持整改工作。
2. 与外部监管机构沟通：如果违规行为可能涉及外部监管机构的监管范围，应主动与外部监管机构沟通，报告违规情况及整改进展。

四、接受处罚与承担责任

1. 接受处罚：如果违规行为已经发生，且被相关监管机构查处，应主动接受处罚，包括罚款、列入不良行为记录名单等。
2. 承担责任：对于因违规行为给公司或他人造成的损失，应依法承担赔偿责任。

五、加强合规管理

1. 完善采购制度：对现有的采购制度进行全面梳理和完善，确保采购活动的合规性。
2. 加强培训：定期对采购人员进行合规培训，提高他们的合规意识和能力。
3. 建立监督机制：建立健全内部监督机制，对采购活动进行全程监督，确保采购活动的公开、公平、公正。

六、案例参考

以湖南联铭科技有限公司为例，该公司在政府采购项目中提供了虚假的业绩合同，被湖南省财政厅查处并处以罚款、列入不良行为记录名单等处罚。该公司应深刻吸取教训，加强合规管理，避免类似违规行为的再次发生。

综上所述，处理自行采购项目违规问题需要采取一系列措施，包括立即停止违规行为、内部调查与整改、主动报告与沟通、接受处罚与承担责任以及加强合规管理等。通过这些措施的实施，可以有效纠正违规行为，避免类似问题的再次发生。