同一单位一般情况下不能作为甲乙双方签订合同，但在特定情形下可以。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的限制
在常规的商业交易和法律框架中，合同是双方或多方之间设立、变更、终止民事关系的协议。合同的本质在于双方或多方之间的意思表示一致，并形成相应的权利义务关系。同一单位作为单一的法律主体，其内部的不同部门或分支机构通常不具备独立的法律人格，因此不能作为合同的双方当事人。这是因为合同需要双方具有独立的法律地位，能够独立承担民事责任。如果同一单位的不同部门或分支机构签订合同，实际上是在同一法律主体内部进行权利义务的分配，这并不符合合同的基本原理。
二、特定情形下的例外
尽管一般情况下同一单位不能作为甲乙双方签订合同，但在某些特定情形下，这种安排可能是被允许的。例如：
内部承包或项目合作：在某些情况下，单位可能将其内部的某个项目或业务承包给内部的另一个部门或团队。虽然这种安排在形式上可能类似于合同，但通常被视为单位内部的管理行为，而非严格的合同行为。不过，如果这种内部承包或项目合作涉及到了外部第三方，或者需要明确双方的权利义务关系，那么可能会通过签订内部合同的方式来规范。但需要注意的是，这种内部合同并不具有对外效力，仅对单位内部具有约束力。
分支机构之间的交易：如果单位设有具有独立法律地位的分支机构（如分公司），并且这些分支机构之间需要进行交易或合作，那么它们之间可以签订合同。在这种情况下，每个分支机构都是独立的法律主体，能够独立承担民事责任，因此符合合同的基本原理。但这种情况并不常见，因为分支机构通常是为了扩大业务范围或方便管理而设立的，它们之间的交易往往可以通过内部调拨或结算来完成。
模拟合同或内部协议：在某些情况下，单位可能为了内部管理或考核的需要，而制定模拟合同或内部协议。这些文件虽然形式上类似于合同，但并不具有对外效力，仅对单位内部具有约束力。它们通常用于明确内部部门或员工之间的权利义务关系，或者作为考核和奖惩的依据。
三、法律建议
避免同一单位作为合同双方：为了避免法律风险和纠纷，建议单位在签订合同时，避免将同一单位的不同部门或分支机构作为合同的双方当事人。如果确实需要进行内部交易或合作，可以通过其他方式来规范双方的权利义务关系，如制定内部规章制度或签订内部协议等。
明确合同主体和权利义务：在签订合同时，务必明确合同的主体和双方的权利义务关系。如果合同涉及多个单位或部门，需要确保每个单位或部门都具有独立的法律地位，并能够独立承担民事责任。同时，合同的内容应该具体、明确，避免出现模糊或歧义的条款。
咨询专业律师：如果对于合同签订的具体事宜存在疑问或不确定，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议和指导，帮助单位规避法律风险并维护自身权益。
在实际操作中，如果遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供法律建议。