若法院以被告偷偷维修漏水为由拒绝原告申请鉴定，原告可采取以下措施来维护自身权益：

1. 理解法院拒绝鉴定的可能原因：

   • 法院可能认为，被告已自行维修漏水问题，且维修效果良好，无需再进行专业鉴定。这种情况下，法院可能认为鉴定程序不必要，或者鉴定结果对案件处理无实质性影响。
   • 但原告应明确，漏水问题的维修并不等同于对漏水原因、责任归属等核心问题的认定。即使漏水已修复，原告仍有权要求对漏水原因、责任等进行鉴定，以明确双方的权利义务。

2. 提出异议并申请复议：

   • 提出书面异议：原告可在收到法院拒绝鉴定的决定后，及时向法院提出书面异议，详细阐述申请鉴定的必要性和合理性。异议中应明确指出，漏水问题的维修并不解决责任归属等核心法律问题，鉴定是查明事实、分清责任的关键。
   • 申请复议：若法院对异议未予采纳，原告可进一步申请复议，要求法院重新审查鉴定申请。在复议过程中，原告可提供更多证据和理由，支持其鉴定申请。

3. 强调鉴定对案件处理的重要性：

   • 原告应向法院强调，鉴定是查明漏水原因、责任归属等核心问题的关键手段。没有鉴定，法院可能难以准确判断双方的责任，导致案件处理不公。
   • 原告可引用类似案例或法律规定，说明鉴定在类似纠纷中的必要性和重要性，以增强其申请鉴定的说服力。

4. 考虑其他证据收集途径：

   • 收集现场证据：在等待法院对鉴定申请作出决定期间，原告可积极收集现场证据，如照片、视频、证人证言等，以证明漏水情况的存在及其影响。
   • 咨询专业机构：原告可咨询相关领域的专业机构或专家，获取关于漏水原因、责任归属等方面的专业意见，作为支持其鉴定申请的补充证据。

5. 法律后果与风险提示：

   • 若法院最终拒绝鉴定：原告需承担因缺乏鉴定意见而可能导致的举证不能风险。在诉讼中，举证责任通常由原告承担。若原告无法提供充分证据证明其主张，可能面临败诉风险。
   • 建议采取的策略：为降低风险，原告可在诉讼前或诉讼过程中积极与对方协商，寻求和解或调解。若协商无果，原告应坚持申请鉴定，并充分利用其他证据收集途径，以支持其诉讼请求。

在实际操作中，原告应密切关注法院对鉴定申请的处理进展，并及时与法院沟通。若法院拒绝鉴定申请，原告需根据上述建议采取相应措施，以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。