运管部门在司机不在场但存在非法营运行为（乘客在车上）的情况下，有权利扣车。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律角度

根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，对于未取得道路运输经营许可而擅自从事道路运输经营的违法行为，交通执法部门（包括运管部门）有权采取一系列严厉措施，其中扣留非法营运车辆是常用且有效的一种手段。这一规定并不以司机是否在场为前提，而是以是否存在非法营运行为为判断标准。因此，即使司机不在车上，只要存在非法营运行为（如乘客在车上，且车辆未取得合法运营资质），运管部门就有权扣车。

二、执法实践角度

在执法实践中，运管部门在发现非法营运车辆时，会首先进行调查取证，确认车辆是否存在非法营运行为。如果确认存在，无论司机是否在场，运管部门都会依法采取扣车等措施，以制止违法行为的继续，保护公共安全，维护市场秩序。同时，运管部门还会进一步调查处理，如没收违法所得、处以罚款等。

三、可能面临的法律后果

1. 扣车：运管部门有权扣留非法营运车辆，直至处罚决定执行完毕。
2. 罚款：根据违法所得情况，运管部门会处以不同额度的罚款。如果存在违法所得，将依法予以没收，并处以违法所得2倍以上10倍以下的罚款；如果没有违法所得或违法所得不足2万元，则会处以3万元以上10万元以下的罚款。
3. 刑事责任：如果情节特别严重，还可能触犯刑法，面临刑事责任的追究。

四、建议与提醒

1. 合法经营：为避免非法营运车辆被扣留及承担相应的法律责任，建议从事道路旅客运输经营的个人或企业务必依法取得道路运输经营许可，并严格遵守相关法律法规的规定。
2. 积极配合：如果车辆被扣留，车主或驾驶员应积极配合相关部门的调查和处理工作，以便尽快解决问题。
3. 咨询法律：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。

综上所述，运管部门在司机不在场但存在非法营运行为的情况下，有权利扣车。车主或驾驶员应严格遵守相关法律法规，合法经营，以避免不必要的法律风险和损失。