结论前置：车辆出险垫付的治疗费，保险公司是否会扣除，需分情况讨论，具体如下：

1. 若垫付方为被保险人（车主）且符合保险合同约定
   根据《保险法》及相关条款，若被保险人先行垫付了伤者的治疗费用，且该费用属于保险责任范围（如交强险或商业三者险的赔偿限额内），被保险人可向保险公司申请理赔。此时，保险公司通常会将垫付的金额返还给被保险人，不会扣除已垫付部分，但需提供完整证据（如医疗费发票、诊断证明、垫付凭证等）。

2. 若垫付方为伤者或第三方，且未通过保险流程
   若伤者或其家属自行垫付了治疗费用，且未在事故发生后及时通知保险公司或未通过保险理赔流程处理，保险公司可能要求伤者直接提交理赔材料。此时，保险公司会按照合同约定核定赔偿金额，已垫付部分可能被纳入赔偿范围，但需以保险公司的最终核定结果为准，不存在“扣除”问题，而是按实际损失补偿。

3. 若垫付费用超出保险责任范围或存在争议
   若垫付的费用包含非医保用药、与事故无关的治疗项目，或超出保险合同约定的赔偿限额（如交强险医疗费限额1.8万元），保险公司可能对超出部分不予赔偿。此时，已垫付的超限费用可能无法通过保险理赔返还，需由责任方自行承担或通过诉讼解决。

关键提醒：

• 无论由谁垫付，均需保留完整证据（如医疗记录、费用清单、付款凭证等），以便后续理赔。
  
• 若对保险公司的核定结果有异议，可通过协商、申请第三方鉴定或诉讼途径解决。
  
• 涉及人伤事故时，建议及时联系保险公司定损，避免因流程延误影响理赔。
  

如有具体案例或合同条款疑问，可直接向我提供细节，我会进一步分析。