针对您提出的“员工工厂没有搞卫生可以罚款吗”这一问题，我们需要从多个角度进行详细分析。
首先，从法律层面来看，公司作为民事主体，并不具备行政处罚权，这意味着公司不能随意对员工进行罚款。罚款是一种行政处罚权，只有具备行政处罚权的行政机关或法律授权的组织才有权实施。因此，如果工厂未经法定程序和约定，直接对员工进行罚款，这种行为很可能是违法的。
然而，也存在一些特殊情况。如果工厂在依法制定的规章制度中明确规定了卫生不达标的具体情形及相应的罚款措施，并且该规章制度制定程序合法（例如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并进行公示或告知劳动者），同时罚款金额合理且不影响劳动者基本生活，那么工厂依据此规章制度进行的罚款可能被认定有效。但这种情况需要满足多个条件，且在实际操作中较为少见。
接下来，我们考虑工厂对员工未搞卫生的合法处理方式。如果员工违反了工厂的卫生规定，工厂可以采取以下合法手段进行处理：
进行批评教育：通过口头或书面形式对员工进行批评，指出其违反卫生规定的行为，并要求其改正。
依据劳动合同中的约定扣发奖金或其他福利：如果劳动合同中有明确约定，员工违反卫生规定将扣发奖金或其他福利，那么工厂可以依据此约定进行处理。
在严重情况下解除劳动合同：如果员工的行为严重违反了工厂的规章制度或劳动纪律，且经过多次批评教育仍不改正，工厂可以依据劳动合同法的相关规定解除劳动合同。
最后，作为员工，如果面对工厂的不合法罚款，您有权采取以下措施维护自己的合法权益：
与公司进行沟通协商：要求公司说明罚款的依据和合理性，如果公司无法提供合法依据，您可以拒绝接受罚款。
向劳动监察部门投诉：如果公司坚持进行不合法罚款，您可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
申请劳动仲裁：如果对劳动监察部门的处理结果不满，您可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。
提起诉讼：如果对劳动仲裁结果仍不满，您可以在规定时间内向法院提起诉讼，要求法院对罚款行为进行合法性审查。
综上所述，工厂因员工未搞卫生而进行罚款的合法性取决于多个因素，包括工厂的规定是否符合法律法规、罚款行为是否合理等。作为员工，您应了解自己的权益，并在面对不合法罚款时积极采取措施维护自身权益。