结论前置：针对员工离职后工资赔偿结清仍找公司麻烦的情况，公司可采取以下措施应对：
核查结清证据，确保合法合规
首先，公司需确认工资及赔偿的结清流程是否符合法律规定，包括但不限于：
- 工资支付记录（银行转账凭证、工资条等）是否完整；
- 离职补偿协议（如有）是否明确约定补偿范围及双方权利义务；
- 员工是否签署《离职结算确认书》等文件，确认无其他争议。
若证据充分，公司可据此主张已履行全部义务，员工后续主张缺乏依据。
区分员工主张性质，针对性应对
员工“找麻烦”可能涉及不同法律关系，需分类处理：
- 劳动争议：若员工主张未结清工资、加班费、经济补偿等，公司需核对劳动合同、考勤记录、工资表等证据，证明已足额支付。若员工主张无事实依据，可拒绝并要求其通过劳动仲裁解决。
- 侵权或违约主张：如员工以公司未缴纳社保、未提供劳动条件等为由索赔，公司需核查是否确实存在违法情形。若不存在，可要求员工举证；若存在瑕疵但已补正（如补缴社保），可说明情况并拒绝额外赔偿。
- 恶意骚扰：若员工通过骚扰、威胁等手段干扰公司经营，公司可保留证据（如录音、聊天记录）并报警，或依据《治安管理处罚法》追究其责任。
沟通协商与法律程序结合
- 协商解决：优先通过书面或录音方式与员工沟通，明确告知其主张无依据，要求停止干扰行为。协商时注意保留证据（如邮件、短信）。
- 劳动仲裁反诉：若员工提起劳动仲裁，公司可提出反申请，要求员工赔偿因恶意主张导致的损失（如律师费、仲裁费）。
- 诉讼途径：若员工行为构成侵权（如诽谤、侵犯名誉权），公司可向法院提起民事诉讼，要求停止侵害并赔偿损失。
完善内部管理，预防后续风险
- 规范离职流程：在员工离职时，要求其签署《离职确认书》，明确“工资、补偿已结清，双方无其他争议”。
- 留存证据：对工资支付、补偿协议等文件妥善存档，避免因证据缺失陷入被动。
- 法律培训：定期对HR及管理人员进行劳动法培训，确保离职处理符合法律规定。
温馨提示：若员工主张涉及复杂法律问题（如未签劳动合同双倍工资、工伤赔偿等），或公司对证据充分性存疑，建议及时整理材料并向我咨询，我将结合具体案情提供专业分析。