员工签署辞职申请后，公司一般应开具离职证明，但在特定情况下，如双方协商一致变更辞职性质，也可以开具经双方协商一致解除劳动合同的离职证明。以下是对此问题的详细分析：

一、一般个人辞职情形

1. 行为性质：员工签署辞职申请，是劳动者单方面主动向用人单位提出解除劳动合同的行为，这通常不属于双方协商一致的结果。
2. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位在解除或终止劳动合同时，应出具解除或终止劳动合同的证明。
3. 证明类型：在此情形下，公司应依法开具离职证明，明确劳动合同期限、解除或终止日期、工作岗位及在本单位的工作年限等关键信息。
4. 重要性：离职证明是劳动者离职后的重要凭证，用于证明其劳动关系终止的情况，对于劳动者寻找下一份工作或办理相关手续具有重要意义。

二、双方协商变更辞职性质的情形

1. 协商过程：若劳动者提出辞职后，用人单位与劳动者进行沟通并达成一致，同意将离职性质变更为双方协商一致解除劳动合同，则公司可以开具经双方协商一致解除劳动合同的离职证明。
2. 法律效果：这种情况下，相当于双方对劳动合同的解除方式重新达成了合意，形成了新的协议。这种变更需要双方明确同意，并最好以书面形式确认，以避免后续纠纷。
3. 建议操作：为确保双方权益，建议签订书面的协商解除协议，明确权利义务，包括解除合同的原因、时间、经济补偿等关键条款。
4. 证明内容：经双方协商一致解除劳动合同的离职证明应包含劳动者的姓名、身份证号码、原劳动合同的起始和终止日期、工作岗位、解除合同的原因（即双方协商一致）、是否有未了结的权益或债务等关键信息，并确保公司的正式签章和相关负责人的签字。

三、共同注意事项

1. 真实性要求：无论开具何种证明，都必须如实反映劳动合同的解除情况，确保证明内容的真实、准确、合法。任何虚假或不合法的信息都可能对公司和劳动者带来不必要的法律风险。
2. 法律责任：若公司故意出具虚假的证明文件，给劳动者造成损害的，应承担赔偿责任。同样，如果劳动者在证明中提供虚假信息，也可能承担相应的法律责任。
3. 法律效力：证明文件需具备公司的正式签章和相关负责人的签字，以确保其法律效力。这是证明文件有效性的重要条件。

建议：在实际操作中，公司应根据具体情况选择合适的证明类型，并确保其内容真实、准确、合法。如果劳动者对公司开具的证明有异议，可以通过协商、调解或诉讼等方式解决纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。