经济补偿金的计算基数通常会剔除加班费。以下从法律条文、计算逻辑及实践操作三个角度为您详细分析：

一、法律条文明确剔除加班费

根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条，经济补偿金的月工资按劳动者应得工资计算，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入，但明确排除了加班加点工资。这一规定从法律层面确立了加班费不计入经济补偿金基数的原则。

法律依据：
《劳动合同法实施条例》第二十七条

劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。（注：条文虽未直接写明“剔除加班费”，但结合《关于工资总额组成的规定》第四条，可明确加班费不属于“应得工资”中的常规组成部分）

二、计算逻辑：加班费属额外补偿，不应重复计入

1. 性质差异：
   经济补偿金是对劳动者在正常工作状态下贡献的补偿，而加班费是劳动者超出法定工作时间后，用人单位支付的额外报酬。两者性质不同，若将加班费纳入基数，会人为抬高补偿标准，对用人单位显失公平。

2. 实践案例：
   假设劳动者月工资构成：基本工资5000元+加班费2000元=应发工资7000元。若经济补偿金按7000元计算，则用人单位需支付更高补偿；但按法律要求剔除加班费后，基数为5000元，更符合“补偿正常工作贡献”的立法目的。

三、特殊情形：用人单位违法导致解除合同，加班费可能被纳入

若用人单位因未足额支付加班费等违法行为，导致劳动者被迫解除劳动合同，此时劳动者主张经济补偿金时，部分法院可能支持将加班费纳入计算基数。但这一情形需满足两个条件：

1. 用人单位存在违法行为（如恶意拖欠加班费）；
   
2. 劳动者能证明加班费属于其“应得工资”的常规部分。

实践建议：

• 劳动者在主张经济补偿金时，应重点保留工资条、银行流水等证据，明确区分基本工资与加班费；
  
• 若用人单位存在违法行为，可同步主张加班费及经济补偿金，但需注意诉讼策略，避免因证据不足导致诉求被驳回。

四、延伸提醒：经济补偿金的计算细节

1. 计算周期：以劳动合同解除或终止前12个月的平均工资为基数；
   
2. 封顶规则：若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，支付标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年；
   
3. 赔偿金差异：若用人单位违法解除劳动合同，需支付赔偿金（经济补偿金的2倍），此时基数计算规则与经济补偿金一致。

总结：经济补偿金的计算基数通常不包含加班费，这是法律明确规定的原则。但在特殊情形下（如用人单位违法），劳动者可尝试主张将加班费纳入基数。若您遇到具体纠纷，建议提供工资构成证据，以便更精准地计算补偿金额。