结论前置：国企被职能部门罚款本身并不直接等同于违规经营，是否违规需结合罚款原因、依据及经营行为本身是否违反法律法规综合判断。以下分情况说明：

1. 若罚款依据合法且经营行为确实违规

若职能部门（如市场监管局、环保局等）依据《行政处罚法》《公司法》《环境保护法》等法律法规，对国企的具体违规行为（如超标排放、虚假宣传、未履行审批手续等）作出罚款决定，则罚款是合法行政处罚，国企的经营行为确实存在违规。
例如：某国企未按规定处理工业废水，被环保局依据《水污染防治法》罚款，此时罚款直接证明其存在违规经营行为。

2. 若罚款依据不合法或程序违规

若职能部门无明确法律依据（如超越职权范围、适用法律错误）或程序违法（如未告知陈述申辩权、未出具合法文书），则罚款可能被撤销，但不能直接反推国企经营行为违规。
例如：某职能部门以“内部规定”为由对国企罚款，但该规定未公开且无法律效力，此时罚款违法，但国企经营行为本身可能合法。

3. 若罚款针对非经营性行为

部分罚款可能针对国企的非直接经营行为（如消防不达标、税务申报错误），此时需区分“经营违规”与“合规管理瑕疵”。
例如：国企因消防通道堵塞被消防部门罚款，属于安全管理问题，但未必直接涉及经营合规性。

关键建议：

1. 核查罚款依据：要求职能部门出具书面处罚决定书，明确违法事实、法律依据及处罚条款。
   
2. 评估经营行为：结合企业实际经营情况（如合同履行、生产流程、环保措施等），判断是否确实存在违规。
   
3. 法律救济途径：若对罚款有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，主张撤销处罚。

总结：国企被罚款仅是行政处罚的结果，是否构成“违规经营”需穿透至具体行为是否违反法律。如有具体案例或处罚文书，可进一步分析。