解除合同后，甲方退还履约保函并不意味着必然退还保证金，是否退还保证金需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：
一、依据合同约定判断
有明确约定的情况：
- 如果合同中明确规定了协议解除合同后保证金的退还条件及方式，那么无论合同解除的原因是什么，都应严格按照这些约定来执行。例如，合同中可能规定“在无违约情形下，双方协商一致解除合同后，甲方应在XX个工作日内全额退还乙方保证金”。
没有约定或约定不明的情况：
- 在这种情况下，需要依据合同解除的具体原因以及公平原则来判断保证金是否应退还。
二、依据合同解除原因判断
无违约行为：
- 如果合同解除是由于双方协商一致，且双方在合同履行过程中均没有违约行为，那么基于公平原则和合同解除恢复原状的法理，收受保证金的一方应当退还该保证金。
因不可抗力等因素导致解除：
- 如果合同解除是由于不可抗力（如自然灾害、政府行为等无法预见、无法避免且无法克服的客观情况）导致的，那么保证金通常也应该退还，因为这种情况下合同的解除并非由于任何一方的过错。
因一方违约导致解除：
- 如果合同解除是由于一方违约造成的，那么保证金的处理就相对复杂。通常，如果违约方给对方造成的损失小于保证金数额，非违约方可能会扣除部分或全部保证金以弥补损失；若损失大于保证金，非违约方还有权就不足部分要求违约方赔偿。例如，若合同中明确约定了违约方丧失保证金退还请求权，则应依约处理；若未约定，非违约方主张没收保证金，需证明损失大于等于保证金数额。
三、法律依据
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，虽然直接提及的是“定金”，但保证金在性质上与定金有相似之处，都是作为合同履行的一种担保。因此，在判断保证金是否退还时，也可以参考定金的相关规定。例如，债务人履行债务后，定金应当抵作价款或者收回；给付定金的一方不履行约定的债务的，无权要求返还定金；收受定金的一方不履行约定的债务的，应当双倍返还定金。虽然这些规定直接针对的是定金，但保证金的处理原则在类似情况下也可参照适用。
四、综合判断与建议
- 在实际操作中，应首先查看合同中是否有关于保证金退还的相关约定，并严格按照约定执行。
- 如果没有约定或约定不明，则需要根据合同解除的具体原因、公平原则以及相关法律法规来做出判断。
- 如果双方对保证金的退还问题存在争议，建议通过协商、调解或诉讼等途径解决。在诉讼过程中，法院会根据合同约定、解除原因、责任归属以及公平原则等因素来综合判断保证金是否应退还。
总结：解除合同后甲方退还履约保函并不直接决定保证金的退还，是否退还保证金需综合考虑合同约定、解除原因及法律法规。在实际操作中，应首先查看合同约定，无约定或约定不明时，根据解除原因及公平原则判断。如有争议，建议通过协商、调解或诉讼等途径解决。