核心结论：公司付给司机运费但司机不开发票，公司可通过协商、向税务机关举报、通过法律途径解决等方式来维护自身权益，同时需注意自身税务合规。以下是具体分析：

1. 协商解决：

   • 公司可首先尝试与司机进行友好协商，明确告知司机提供发票是其法定义务，也是公司财务报销和税务合规的必要条件。
   • 协商过程中，可了解司机不开发票的具体原因，如是否因个人疏忽、不了解税务规定或存在其他困难，并尝试提供解决方案或协助。

2. 向税务机关举报：

   • 若协商无果，公司可向当地税务机关举报司机不开发票的行为。
   • 税务机关将对此进行调查，并根据调查结果对司机进行相应的税务处理，如补缴税款、加收滞纳金或罚款等。
   • 举报时，公司需提供相关证据，如付款凭证、运输合同等，以证明司机确实未提供发票。

3. 通过法律途径解决：

   • 若司机拒不改正且其行为给公司造成损失，公司可考虑通过法律途径解决，如向法院提起诉讼。
   • 诉讼过程中，公司需提供充分证据证明司机未履行提供发票的义务，并要求司机承担相应的法律责任，如赔偿损失等。

4. 公司自身税务合规：

   • 在处理司机不开发票问题的同时，公司也需确保自身税务合规，如及时申报纳税、保留相关凭证等。
   • 若公司因司机不开发票而无法进行财务报销或税务抵扣，导致多缴税款或产生其他损失，公司可在法律框架内寻求合理补偿。

行动建议：

• 公司应建立完善的运输费用管理制度，明确要求司机提供发票作为付款的前提条件。
• 在与司机签订运输合同时，应明确约定发票的提供时间、方式及违约责任等条款。
• 定期对运输费用进行审计和核查，确保所有费用均已取得合法有效的发票。

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