公司以自离为由扣钱是否合法，需分情况判断：

1. 合法扣钱的情况：

   • 造成实际损失：如果员工的自离行为确实给公司造成了实际损失，比如因未完成工作交接导致业务中断、数据丢失等，公司有权要求员工赔偿。这种赔偿应通过合法合理的方式进行，如按照双方事先的约定或依据实际损失情况来确定赔偿金额。
   • 扣除限额与最低工资标准：在扣除赔偿金时，公司需遵守以下规定：每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%；若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。这种情况下，公司扣钱在法定范围内是合法的。

2. 不合法扣钱的情况：

   • 未造成实际损失：如果员工自离并未对公司造成实际损失，或者虽然造成了损失但公司未按照法定程序和限额进行扣除，那么公司的扣钱行为是不合法的。劳动者付出劳动后，有获得相应劳动报酬的权利，公司不能随意克扣。
   • 违反法定程序：即便员工离职不符合规定程序，公司也应通过合法途径解决，如与员工协商、要求员工赔偿实际损失等，而不是直接扣钱。

维权途径：

• 协商：如果公司扣了你的钱，你首先可以尝试与公司进行协商，要求公司足额支付工资或返还被扣款项。
• 投诉：若协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉。投诉时，需准备本人身份证件、证明劳动关系的材料（如劳动合同、工资条、工作证等），以及公司扣钱的证据（如工资发放记录、扣款通知等）。劳动监察部门接到投诉后，会对公司进行调查，若查证属实，会责令公司支付扣减的工资，并可对其进行处罚。
• 仲裁与诉讼：如果投诉仍未解决问题，你可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼，要求公司支付被扣除的工资及相应的赔偿。

其他注意事项：

• 无论员工是否自离，公司都应支付员工已提供劳动部分的工资。即如果员工在离职前已经为公司工作了一段时间，公司应该按照员工实际出勤的天数支付工资。

综上所述，公司以自离为由扣钱并非一概而论地合法或不合法，而是需要根据具体情况来判断。如果你遇到了公司不合理扣钱的情况，可以通过上述途径来维护自身权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。