结论：施工单位保函未提交一般不可以施工，但存在特殊情况；若已施工且未提交保函，需尽快补办并承担相应责任。以下是具体分析：

一、保函未提交一般不可以施工

1. 法律依据与合同约定
   根据《中华人民共和国招标投标法》及《建设工程施工合同（示范文本）》等相关规定，施工单位在签订施工合同后，通常需按合同约定向建设单位提交履约保函（或保证金），作为履行合同义务的担保。若合同明确约定“保函提交为开工前提”，则未提交保函属于违约行为，建设单位有权拒绝开工或暂停施工。

2. 实务风险
   若施工单位擅自开工，可能面临以下后果：

   • 建设单位索赔：建设单位可依据合同条款，要求施工单位承担违约责任（如支付违约金、赔偿损失）；
     
   • 行政处罚：若涉及必须招标的项目，未履行合同程序擅自施工可能违反《招标投标法实施条例》，面临行政处罚；
     
   • 工程质量风险：未提交保函可能反映施工单位履约能力不足，后续若出现质量问题，建设单位可能主张保函缺失导致担保缺失，要求施工单位承担更重责任。

二、特殊情况：可施工的情形

1. 合同未明确约定保函提交时间
   若合同仅约定“需提交保函”，但未明确提交时间与开工的关联性，施工单位可与建设单位协商，在开工后合理期限内补交保函。但需注意，此情形下建设单位仍可能以“未履行合同义务”为由主张权利，需保留协商证据（如书面函件、会议纪要）。

2. 建设单位书面同意
   若建设单位出具书面文件，明确同意施工单位在未提交保函的情况下先行施工，则施工行为合法。但此类文件需严格符合形式要件（如加盖公章、法定代表人签字），避免口头约定。

三、已施工但未提交保函的补救措施

1. 立即补交保函
   施工单位应第一时间与银行或担保公司沟通，尽快出具保函并提交给建设单位，减少违约时间。

2. 与建设单位协商
   主动沟通说明未提交原因（如银行流程延误、内部审批问题），争取建设单位谅解，并签署补充协议明确保函补交时间及违约责任。

3. 承担违约责任
   若因未提交保函导致建设单位损失（如工期延误、另行委托第三方施工），施工单位需按合同约定赔偿。建议提前评估损失范围，主动提出补偿方案，避免诉讼。

四、法律建议

1. 审查合同条款：立即核对施工合同中关于保函提交时间、开工条件、违约责任的约定，明确己方义务。
   
2. 保留证据：保存与建设单位沟通保函提交的往来函件、会议记录，证明己方积极履约的态度。
   
3. 咨询专业支持：若涉及重大项目或复杂纠纷，建议委托律师介入，制定应对策略（如发送律师函、协商和解或准备诉讼）。
   

提示：保函是施工单位履约能力的重要证明，未提交可能引发连锁风险。建议优先通过协商解决，若协商无果，需及时启动法律程序维护权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。