政府采购双方约定减免部分费用，在符合法律法规及采购文件规定的前提下，是符合规定的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律法规层面
《中华人民共和国政府采购法》及相关规定：
- 政府采购活动应当遵循公开透明、公平竞争、公正和诚实信用的原则。
- 采购人与供应商之间的权利义务关系，应当通过采购文件（如招标文件、谈判文件等）明确约定。
- 若采购文件或合同中明确规定了可以减免部分费用的情况（如因供应商提供额外服务、质量优异等），且该减免不违反法律法规的强制性规定，则双方约定减免部分费用是合法的。
合同自由原则：
- 在不违反法律法规的前提下，合同双方有权自由约定合同内容，包括费用的支付与减免。
- 因此，如果政府采购合同中明确约定了减免部分费用的条款，且该条款不违反法律法规，那么该约定是有效的。
二、实际操作层面
采购文件的编制：
- 采购人在编制采购文件时，应明确约定费用的支付方式、时间以及可能的减免情况。
- 供应商在参与采购活动时，应仔细阅读采购文件，了解费用减免的相关规定。
合同的签订与执行：
- 采购人与供应商在签订合同时，应确保合同内容与采购文件一致，特别是关于费用减免的条款。
- 在合同执行过程中，双方应严格按照合同约定履行义务，包括费用的支付与减免。
合规性审查：
- 采购人应定期对政府采购活动进行合规性审查，确保采购活动符合法律法规和采购文件的规定。
- 如发现双方约定减免部分费用存在违规情况，应及时进行纠正，并承担相应的法律责任。
三、可能存在的风险及防范
风险：
- 双方约定减免部分费用可能引发其他供应商的不满或质疑，认为存在不公平竞争。
- 若减免部分费用未明确约定在采购文件或合同中，可能引发合同纠纷。
防范：
- 采购人应在采购文件中明确约定费用减免的相关规定，确保透明度和公平性。
- 双方在签订合同时，应确保合同内容明确、具体，避免产生歧义。
- 如发生合同纠纷，双方应积极协商解决，或通过法律途径维护自身权益。
建议：在政府采购活动中，双方约定减免部分费用时，应确保该约定符合法律法规和采购文件的规定，并在合同中明确约定。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。