关于政府采购免除代理费是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体的政府采购规定、地区政策以及采购项目的性质来综合判断。

首先，从政府采购的一般原则来看，代理费是采购代理机构为采购人提供代理服务所收取的费用，这通常包括编制采购文件、发布采购信息、组织评审活动等一系列服务。代理费的收取标准和方式，一般会在采购文件中明确，并作为采购合同的一部分。

1. 法律法规层面：

• 《中华人民共和国政府采购法》及其实施条例并未直接规定代理费必须收取或免除，而是赋予了采购人和代理机构在合同中约定的权利。
• 《政府采购代理机构管理暂行办法》中提到，代理费用可以由中标、成交供应商支付，也可由采购人支付，但要求代理机构在采购文件中明示代理费用收取方式及标准。

2. 地区政策差异：

• 不同地区可能会根据本地实际情况，出台关于政府采购代理费的具体规定。例如，内蒙古自治区财政厅就明确规定，集中采购目录以内的项目，集中采购机构不得向采购人或中标（成交）供应商收取代理服务费。
• 云南省则通过典型案例的形式，强调了代理机构应在采购文件中明示代理费用收取方式及标准，以避免纠纷。

3. 采购项目性质：

• 对于某些特定的政府采购项目，如面向中小企业的采购项目，政府可能会出台优惠政策，包括免除或降低代理费，以减轻企业负担。
• 此外，如果采购人选择自行组织采购，而不委托代理机构，那么自然就不会产生代理费。

结论： 政府采购免除代理费是否合法，取决于具体的法律法规、地区政策以及采购项目的性质。如果相关法律法规或地区政策明确规定了免除代理费的情况，或者采购人和代理机构在合同中约定了免除代理费，那么这种做法就是合法的。反之，如果没有明确的法律规定或合同约定，擅自免除代理费可能会引发纠纷或违反相关规定。

因此，在处理政府采购免除代理费的问题时，建议采购人和代理机构仔细研究相关法律法规和地区政策，确保操作合法合规。同时，在采购文件中明确代理费用的收取方式及标准，以避免后续纠纷。