政府采购框架协议中代理公司收费是否合法，需结合具体情况判断，但通常情况下，只要代理公司的收费行为符合相关法律法规及合同约定，即视为合法。以下从多个角度进行分析：
一、法律法规层面
《中华人民共和国政府采购法》及相关规定：
- 政府采购活动应当遵循公开透明原则、公平竞争原则、公正原则和诚实信用原则。
- 采购人、采购代理机构应当按照政府采购法、招标投标法和本条例的规定，开展政府采购活动，包括采购项目的预算编制、采购方式的选择、采购文件的编制、采购信息的发布、评审专家的抽取、采购合同的签订等。
- 若代理公司在政府采购框架协议中收取的费用，是依据相关法律法规及政府采购项目的实际需求，经过合法程序确定，并明确写入合同中的，那么这种收费行为是合法的。
《中华人民共和国招标投标法》及相关规定：
- 招标代理机构应当在招标人委托的范围内办理招标事宜，并遵守本法关于招标人的规定。
- 招标代理机构不得接受同一招标项目的投标代理和投标咨询业务；未经招标人同意，不得转让招标代理业务。
- 招标代理服务收费通常实行政府指导价，具体收费标准由省、自治区、直辖市人民政府价格主管部门会同有关部门制定，报国务院价格主管部门备案。若代理公司的收费符合这些规定，则视为合法。
二、合同约定层面
框架协议内容：
- 政府采购框架协议是采购人与代理公司之间就政府采购项目达成的长期合作协议，其中应明确双方的权利义务，包括代理公司的服务内容、收费标准及支付方式等。
- 若框架协议中明确规定了代理公司的收费项目、标准及支付方式，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么代理公司按照协议约定收取费用是合法的。
具体采购项目合同：
- 在每个具体的政府采购项目中，采购人与代理公司可能会根据框架协议的约定，签订具体的采购项目合同。
- 若具体合同中再次确认了代理公司的收费标准及支付方式，且这些标准与方式与框架协议一致，那么代理公司按照具体合同约定收取费用同样是合法的。
三、实际操作层面
代理公司的资质与信誉：
- 代理公司应具备从事政府采购代理业务的相应资质，且信誉良好，无违法违规行为记录。
- 若代理公司具备合法资质，且在过往项目中表现良好，那么其收费行为更可能被视为合法。
收费项目的合理性：
- 代理公司的收费项目应合理，与提供的服务内容相匹配。
- 若代理公司收取的费用明显高于其提供的服务价值，或存在不合理收费项目，那么这种收费行为可能被视为违法或违规。
四、建议与风险提示
对于采购人：
- 在与代理公司签订框架协议及具体采购项目合同时，应仔细审查合同条款，确保代理公司的收费项目、标准及支付方式合法合规。
- 若对代理公司的收费行为有疑问或发现违规行为，应及时向相关部门举报或寻求法律帮助。
对于代理公司：
- 应严格遵守相关法律法规及合同约定，合理确定收费项目及标准。
- 应加强内部管理，确保收费行为的合法合规性，避免因违规收费而引发的法律风险。
若您在政府采购框架协议中遇到代理公司收费问题，或对此有任何疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。