结论：框架协议采购第二阶段能否收费，取决于框架协议的具体条款约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、框架协议条款约定
明确约定收费：
- 如果框架协议中明确约定了第二阶段可以收费，并且详细列明了收费的标准、方式、时间等关键要素，那么采购方在第二阶段按照约定收费是合法且合理的。
未约定或约定不明：
- 如果框架协议中未对第二阶段是否收费作出明确约定，或者约定不明确，那么就需要根据相关法律法规以及行业惯例来判断。
- 在这种情况下，采购方和供应商可以通过协商来达成补充协议，明确第二阶段的收费事宜。如果协商不成，可能需要通过法律途径来解决争议。
二、相关法律法规规定
《中华人民共和国民法典》合同编：
- 根据《民法典》合同编的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，对双方具有法律约束力。如果框架协议中未对第二阶段收费作出约定，但双方在实际履行过程中形成了交易习惯或者行业惯例，且该习惯或惯例不违反法律、行政法规的强制性规定，那么可以参照该习惯或惯例来判断。
政府采购相关法律法规：
- 如果框架协议采购涉及政府采购项目，那么还需要遵守政府采购相关的法律法规。例如，《中华人民共和国政府采购法》及其实施条例等，这些法律法规对政府采购合同的签订、履行、变更等都有明确规定。
- 在政府采购框架协议中，如果第二阶段收费涉及公共资源的使用或者公共利益的分配，那么可能需要经过相关部门的审批或者备案。
三、实际操作建议
审查框架协议：
- 在采购第二阶段开始前，采购方和供应商应仔细审查框架协议的条款，特别是关于收费的约定。如果协议中有明确约定，则按照约定执行；如果协议未约定或约定不明，则应及时协商补充协议。
咨询专业意见：
- 如果对框架协议条款的解释或者相关法律法规的适用存在疑问，建议咨询专业律师或相关部门的意见，以确保采购活动的合法性和合规性。
保留相关证据：
- 在采购过程中，采购方和供应商应保留好与收费相关的所有证据，如协议文本、补充协议、付款凭证等，以备在发生争议时作为证明材料。
进一步思考：在实际操作中，框架协议采购第二阶段能否收费还可能受到市场情况、行业特点、双方谈判地位等多种因素的影响。因此，在签订框架协议时，双方应充分考虑这些因素，并在协议中作出明确约定，以避免后续争议的发生。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。