工厂员工被搜身，首先明确这是不合法的行为，员工有权拒绝并可以采取相应的法律措施维护自身权益。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律背景
根据《中华人民共和国民法典》以及相关劳动法律法规，公民的人身自由不受侵犯，任何组织或者个人不得以任何理由侵犯公民的人身自由。工厂对员工进行搜身，显然侵犯了员工的人身自由权，是违法的。
二、法律建议
拒绝搜身：
- 当工厂要求对员工进行搜身时，员工有权明确拒绝。搜身行为不仅侵犯了员工的人身自由，还可能对员工的尊严造成伤害。
收集证据：
- 如果员工已经遭遇了搜身，应尽可能收集相关证据，如现场照片、视频、目击者证言等。这些证据在后续的法律维权过程中将起到关键作用。
向劳动监察部门投诉：
- 员工可以向当地劳动监察部门投诉工厂的违法行为。劳动监察部门有权对工厂进行调查，并根据调查结果对工厂进行处罚。
提起民事诉讼：
- 如果搜身行为给员工造成了身体或精神上的损害，员工还可以考虑向法院提起民事诉讼，要求工厂赔偿损失。在诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来证明自己的损失和工厂的违法行为。
三、可能的法律后果
工厂面临行政处罚：
- 如果劳动监察部门认定工厂存在违法行为，工厂可能会面临罚款、责令改正等行政处罚。
工厂承担民事责任：
- 如果员工提起民事诉讼并胜诉，工厂需要承担民事责任，包括赔偿员工的损失、赔礼道歉等。
四、特殊情况处理
- 如果工厂以安全为由进行搜身：
- 即使工厂以安全为由，也不能随意对员工进行搜身。工厂应该通过其他合法手段来确保安全，如安装监控设备、加强安保措施等。如果工厂坚持搜身，员工仍然有权拒绝，并可以采取上述法律措施维护自身权益。
作为员工，在面对工厂的不合法搜身行为时，应坚决维护自己的合法权益。如果遇到类似问题，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律建议和帮助。