工厂上下班搜身员工的行为，在大多数情况下是违法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人享有隐私权，任何组织或者个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。工厂上下班搜身，无疑是对员工隐私权的一种侵犯，因为搜身行为涉及对员工身体隐私的窥探和检查。
同时，从劳动法的角度来看，员工在工厂工作，并不意味着其人身自由和隐私权可以被随意剥夺。工厂作为用人单位，应当尊重和保护员工的合法权益，包括隐私权。
二、具体情形分析
无合法依据的搜身：
- 如果工厂没有明确的规章制度，或者规章制度未经民主程序制定、未公示或告知员工，且搜身行为没有得到员工的明确同意，那么这种搜身行为就是违法的。
- 工厂不能仅凭自己的主观判断或怀疑，就对员工进行搜身。这种行为不仅侵犯了员工的隐私权，还可能构成对员工人身自由的非法限制。
有合法依据但程序不当的搜身：
- 即使工厂有明确的规章制度规定可以进行搜身，但如果搜身程序不当，如未提前告知员工、未在合理的时间和地点进行、未由合适的人员执行等，也可能构成违法。
- 例如，如果工厂在员工下班后，未经员工同意，擅自在其更衣室或宿舍进行搜身，这种行为就可能侵犯了员工的隐私权和居住安宁权。
特殊情况下的搜身：
- 在某些特殊情况下，如工厂发生盗窃等违法行为，且怀疑对象明确指向某名员工时，工厂可以在合法、合理、必要的前提下，对该员工进行搜身。但这种情况必须严格遵循法律程序，如报警后由公安机关进行搜查等。
- 即使在这种情况下，工厂也不能自行进行搜身，而应当依靠法律程序来维护自身的合法权益。
三、法律后果与建议
- 法律后果：如果工厂的搜身行为被认定为违法，那么工厂可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿员工因此遭受的损失、消除影响、恢复名誉等。同时，工厂还可能面临行政处罚或刑事责任的风险。
- 建议：作为员工，如果遭遇工厂的非法搜身行为，应当及时向工厂提出异议，并保留相关证据（如视频、照片、证人证言等）。如果工厂不予理会或处理不当，员工可以向当地劳动监察部门投诉或向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
综上所述，工厂上下班搜身员工的行为在大多数情况下是违法的。工厂应当尊重和保护员工的隐私权和其他合法权益，避免采取非法手段来维护自身的利益。如果您在劳动工伤方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。