政府采购工程在进行招标投标活动时，其法律适用问题是一个综合考量的过程。首先，要明确的是，政府采购工程招标投标主要适用《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例。这是因为《招标投标法》针对工程建设项目的招标投标活动制定了详尽且专业的规定，旨在确保工程招标投标活动的规范性和有序性。从招标公告的发布、招标文件的编制，到投标、开标、评标、定标等各个环节，都应严格遵循《招标投标法》的相关规定。
然而，政府采购工程因其特殊性，在采购方式、程序等方面往往有一些特别的规定和要求，这些要求通常体现在《中华人民共和国政府采购法》中。该法旨在保障政府采购活动的公开、公平、公正和高效，对政府采购工程的采购方式、采购程序等方面有具体规定。例如，政府采购工程可能需要遵循特定的采购流程，或者需要满足特定的资格预审条件。因此，在实际操作中，除了遵守《招标投标法》外，还必须同时满足《政府采购法》对于采购方式、采购程序等方面的具体要求。
此外，如果政府采购工程涉及到预算、资金管理等问题，还需要遵守相关的财政法规。这些法规对政府采购工程的预算编制、资金拨付、使用监督等方面有详细的规定，以确保政府资金的合理使用和有效监管。
具体来说，在以下方面需遵循《政府采购法》及其实施条例的补充规定：
采购政策功能：政府采购应助力国家经济和社会发展政策目标，如环保、扶持不发达地区等。涉及这些政策功能的工程采购，即使通过《招标投标法》招标，也需遵守《政府采购法》的相关政策规定。
采购合同管理：在合同签订、履行、验收等方面，除遵循《招标投标法》外，还需满足《政府采购法》对政府采购合同的特殊要求，如合同变更限制、补充合同金额限制等。
质疑与投诉处理：供应商对招投标活动的质疑或投诉，主要依据《政府采购法》及其实施条例的处理程序进行。
综上所述，政府采购工程在进行招标投标时，应综合考虑并严格遵守《招标投标法》、《政府采购法》及相关财政法规的要求。只有这样，才能确保采购活动的顺利进行，维护公共利益，促进经济社会的健康发展。