结论前置：
- 若您能证明公司拿走协议的目的是协商解除劳动合同，且公司最终不承认，您可通过收集证据（如聊天记录、邮件、录音等）证明协商解除的事实，并依法主张权益。
- 若无法证明协商解除的事实，但公司存在违法解除劳动合同的行为，您可依法要求公司支付赔偿金。
详细分析：
首先，我们需要明确的是，劳动合同的解除应当遵循法律法规的规定，并且最好是双方协商一致。在您描述的情况中，公司以盖章为由拿走了协商解除劳动合同的协议，但随后不承认是协商解除，这确实给您带来了困扰。
从协商解除的角度分析：
协商解除的事实证明：
- 若您能提供证据证明公司拿走协议的目的是为了协商解除劳动合同（如聊天记录、邮件、录音等），并且这些证据能够显示公司确实提出了协商解除的意向，那么即使公司最终不承认，您也可以依据这些证据主张协商解除的事实。
- 在此情况下，您可以与公司协商解决，或者依法向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司按照协商解除的约定履行相关义务（如支付经济补偿金等）。
无法证明协商解除的情况：
- 若您无法提供足够的证据证明协商解除的事实，那么公司不承认协商解除可能构成合法解除（如果公司能证明其解除行为符合法定解除条件）或违法解除（如果公司不能证明其解除行为符合法定解除条件）。
- 在此情况下，若公司构成违法解除，您有权依法要求公司支付赔偿金。赔偿金的计算通常依据您在公司的工作年限和工资水平来确定。
从公司违法解除的角度分析：
违法解除的认定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司解除劳动合同应当符合法定条件，并且应当遵循法定程序。若公司未能提供充分证据证明其解除行为符合法定条件或程序，则可能构成违法解除。
违法解除的后果：
- 若公司构成违法解除，您有权依法要求公司支付赔偿金。赔偿金的计算标准通常为：按照您在公司的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向您支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向您支付半个月工资的经济补偿。此处所称月工资是指您在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
建议与行动：
- 收集证据：尽快收集能够证明协商解除事实的证据，如聊天记录、邮件、录音等。
- 与公司协商：在收集到足够证据后，尝试与公司进行协商，看是否能够达成一致意见。
- 申请劳动仲裁：若协商无果，您可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司履行相关义务或支付赔偿金。
- 咨询专业律师：在整个过程中，若您遇到任何法律问题或困惑，可以随时向我咨询，我将为您提供专业的法律建议。
最后，需要强调的是，劳动合同的解除是一个复杂且敏感的法律问题，涉及双方的权益和义务。因此，在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。