机构请假扣课时是否合法，需分情况讨论：

1. 若劳动合同或规章制度中有明确约定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者签订的劳动合同，以及用人单位依法制定的规章制度，对双方均具有约束力。若劳动合同或规章制度中明确规定了请假扣课时的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么机构请假扣课时是合法的。
   • 建议：劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于请假、扣课时等涉及自身权益的条款。若对条款有疑问或不满，应及时与用人单位沟通协商，或寻求法律帮助。

2. 若劳动合同或规章制度中无明确约定，但机构单方面实施扣课时：

   • 在这种情况下，机构单方面实施扣课时可能缺乏法律依据。根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。若机构未经劳动者同意，单方面实施扣课时，可能侵犯了劳动者的合法权益。
   • 建议：劳动者可以与机构进行沟通协商，要求机构停止不合理的扣课时行为。若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

3. 扣课时是否合理，还需考虑扣课时的具体方式和数额：

   • 即使劳动合同或规章制度中有请假扣课时的条款，但扣课时的具体方式和数额也需合理。例如，扣课时是否按照实际请假时间进行，扣课时的数额是否过高导致劳动者权益受损等。若扣课时的具体方式和数额不合理，劳动者也有权提出异议。
   • 建议：劳动者在遇到扣课时问题时，应仔细核对扣课时的具体方式和数额，若认为不合理，可以向机构提出书面异议，并要求机构给出合理的解释和调整。若机构不予理会或调整不合理，劳动者可以依法维护自己的权益。

总结与提醒：

• 机构请假扣课时是否合法，需根据劳动合同、规章制度以及扣课时的具体方式和数额进行综合判断。
• 劳动者在遇到扣课时问题时，应保持冷静，仔细核对相关条款和事实，依法维护自己的权益。
• 若对扣课时问题有疑问或不满，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。