结论：在领导允许晚到的情况下，员工晚到一般不应被算作旷工，但具体是否构成旷工还需结合公司规章制度、劳动合同以及实际情况进行综合判断。
一、从公司规章制度和劳动合同角度分析
公司规章制度：
- 公司规章制度是公司内部管理的依据，其中通常会明确规定员工的出勤要求、迟到早退的处理方式等。
- 如果公司规章制度中明确规定了“在领导允许的情况下晚到不算旷工”，那么员工在领导允许后晚到，自然不应被算作旷工。
- 如果公司规章制度中没有明确规定，或者规定较为模糊，那么就需要结合劳动合同以及实际情况进行判断。
劳动合同：
- 劳动合同是员工与公司之间确立劳动关系的协议，其中也会涉及员工的出勤要求等条款。
- 如果劳动合同中明确规定了员工在特定情况下（如领导允许）可以晚到而不算旷工，那么员工就有权依据劳动合同主张自己的权益。
- 如果劳动合同中没有相关条款，那么就需要参考公司规章制度以及行业惯例进行判断。
二、从实际情况角度分析
领导允许的真实性：
- 员工需要证明领导确实允许了其晚到，这通常可以通过口头沟通记录、书面通知、邮件等方式进行证明。
- 如果员工无法证明领导允许了其晚到，那么公司可能会依据规章制度或劳动合同认定员工为旷工。
晚到的合理性和必要性：
- 即使领导允许了员工晚到，员工也需要证明其晚到是合理且必要的，例如因交通拥堵、突发疾病等不可抗力因素导致。
- 如果员工无法证明其晚到的合理性和必要性，那么公司可能会认为员工存在故意迟到或旷工的行为。
三、法律建议和可能后果
法律建议：
- 员工在遇到此类情况时，应首先与公司进行沟通，明确领导允许晚到的具体情况和依据。
- 如果公司坚持认定员工为旷工，员工可以依据公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规进行维权。
- 在维权过程中，员工应保留好相关证据，如口头沟通记录、书面通知、邮件等，以便在需要时进行证明。
可能后果：
- 如果员工被错误地认定为旷工，可能会面临扣减工资、警告、解雇等不利后果。
- 因此，员工在遇到此类情况时，应积极维护自己的权益，避免不必要的损失。
总结：在领导允许晚到的情况下，员工晚到一般不应被算作旷工。但具体是否构成旷工还需结合公司规章制度、劳动合同以及实际情况进行综合判断。如果员工遇到此类情况，建议与公司进行沟通并保留好相关证据，以便在需要时进行维权。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。